1856年12月，太平军撤出武昌。

　　1857年春天，李秀成与陈玉成击败清军秦定三部，北上六安、霍丘，与捻军会合。

　　天京事变后，洪秀全开始提防石达开，任用洪氏兄弟牵制他，石达开日益不安，从天京出走到安庆，再从安庆出走，脱离天王指挥，跟随他出走的太平军有二十万人，严重削弱太平天国的力量。

　　1858年石达开经浙江到福建，再到江西。同年5月，九江失守，湘军进围安庆，11月太平军在三河之战获胜，湘军撤安庆之围。

　　1859年石达开入湖南，攻宝庆府（今邵阳市）不克，南下广西。

　　1860年李秀成在击破清军的江南大营后，乘胜攻下江苏南部多个地方。同年9月，太平天国部署第二次西征，以陈玉成、李秀成军为江北江南两支主力，目的为进攻清军后方以援救安庆。同年，在广西的石达开与部众出现分歧，部将彭大顺、朱衣点、吉庆元等人与之决裂，次年重返天朝。

　　1861年上半年，北路的陈玉成因英国官员干预而不敢进攻武汉；南路的李秀成进至湖北东南部，在附近地方招兵30万人，李知道其他太平军吃败仗后，放弃进攻武汉三镇，改向东进军，攻下浙江大部份地区。

　　1861年9月安庆失守（见安庆保卫战）。同年石达开率十万之众北上湘西，经湖北进入川东。

　　1862年1月李秀成率军攻上海，在清军和洋人联合抵抗下，太平军久攻之下，仍未能占领上海。

　　1862年（同治元年）6月，洪秀全命令李秀成回援天京，李集结二十万人兵力，10月起大战湘军四十多天，未能取胜。同年6月陈玉成被清军处死。12月，李秀成奉命北渡长江。同年李鸿章攻江苏南部，左宗棠攻浙江。

　　石达开在四川南部时，多次企图渡过长江北上，为清军所阻。1863年初，石达开渡过金沙江，5月到达大渡河边，当地土司千户王应元拆桥防河，加上河水暴涨和清军堵截了太平军的进路和退路，石达开部队在紫打地进退无路，困二十余日，粮食将尽，部队损失过半。6月13日，石达开向清军主帅骆秉章请降以救全军，清军伪称同意，缚送成都，6月25日在成都被凌迟处死。石达开的降兵中，老弱及新加入者被遣散，剩下的二千人不久被杀。

　　1863年12月4日苏州守将谭绍光被部下杀死，苏州失守。

　 1864年6月1日，洪秀全在多日以野草充饥后病逝，幼天王洪天贵福继位。7月天京失守，李秀成带领幼天王突围，混乱中失散，于同月22日在江宁方山被俘，亲书供状数万字后，于8月7日被曾国藩杀害。10月幼天王洪天贵福在江西石城荒山山洞被搜俘，11月18日在南昌被凌迟处死。

　　长江以南的太平军余部谭体元部队在1866年初于广东梅县被肃清，江北的太平军赖文光部投入捻军，于1865年杀清军名将僧格林沁，继续对抗清军直至1868年。

　　东捻军于1868年1月5日在扬州东北瓦窑铺覆灭，西捻军于同年8月16日在山东茌平徒骇河被李鸿章消灭。

　　最后一支使用太平天国年号的残余捻军袁大魁部于1869年在陕北保安被左宗棠消灭。