东汉以太尉、司徒、司空为三公，位次上公。三公师长百僚，名义上为最高官职，其实并无实际权力。
东汉任命三公多以知名经师为之，以宣扬经术治国的理念。其实不过是政治花瓶而已。皇帝以尚书参决政务，并不以实权付三公。因三公以硕儒经师居官，所以往往要为很小的差错承担非常严重的责任，以示高节。例如：宋弘为大司空，在位五年，因考核上党太守无所依据而免官。伏湛行大司徒事，以冬祭高庙（汉高祖刘邦的宗庙），因河南尹与司隶校尉在庙中争论失仪，而伏湛没有上奏此事，免官。汉光武帝对大臣非常严厉、苛刻，韩歆为司徒，以直言忤旨，免官遣归乡里，与其子皆自杀。之后，欧阳歙、戴涉相继任大司徒，下场都是论罪下狱、被处死。
太尉
汉光武帝即位，置大司马官，负责全国军官的考核，每岁末，评定等次，上奏皇帝，作为军官升迁、降调的依据。参考：《后汉书·百官一》太尉条原注：“掌四方兵事功课，岁尽即奏其殿最而行赏罚。”建武二十七年（51年）改大司马为太尉。按东汉制度，三公掌谋议国之大政。太尉的主要参政途径就是与司徒、司空共同讨论皇帝交议的国政，定议后会衔上奏。东汉一朝，仅见牟融、徐防以太尉录尚书事，与太傅参决政事。这说明太尉除非被任命为录尚书事，并没有决定政务的职权。
按东汉以三公领九卿的制度，太尉领太常、卫尉、光禄勋三卿。太尉府属吏有：长史一人，秩千石，总管各曹事务。各曹掾、史、属共二十四人。在诸曹中，西曹负责太尉府官吏的任免；东曹负责二千石的迁调；户曹负责户籍、祭祀、农桑；奏曹负责奏议；辞曹负责审理案件，接受上诉；法曹负责驿站事务；尉曹负责士卒和囚犯的征调、运输事务；贼曹负责缉拿盗贼；决曹负责裁决刑法；兵曹负责军事事务；金曹负责货币与盐铁事务；仓曹负责国家仓库事务。此外，还有黄阁，主簿，是阁下诸吏的长官。另有令史及御属二十三人，阁下令史负责太尉的仪仗执事；记室令史负责太尉府的奏章等各种文书的管理；门令史负责太尉府门卫。其他令史分隶诸曹，办理文书事务。从东汉太尉府诸曹的设置以及职掌来看，太尉的管辖范围似乎非常广，但那都是名义上的东西，太尉诸曹所领事务，或受制于尚书台，或仅仅为文牍往来，本身并没有可否之权，而且太尉对本府诸曹事务并没有实际节制的权力。
司徒
汉光武帝即位，置大司徒官，负责人民教化，掌礼仪诸事。与太尉、司空共同讨论皇帝交议的国政，定议后会衔上奏。
参考：《汉官仪》：“王莽时，议以汉无司徒官，故定三公之号曰大司马、大司徒、大司空。世祖（刘秀庙号）即位，因而不改。”《后汉书·百官一》载：“司徒，公一人。本注曰：掌人民事。凡孝民孝悌、逊顺、谦俭、养生送死之事，则议其制，建其度。凡四方民事功课，岁尽则奏其殿最而行赏罚。”建武二十七年（51年），去“大”，称司徒。司徒领太仆、鸿胪、廷尉三卿。属吏有长史一人，秩千石。掾属三十一人。司空
汉光武帝即位，置大司空官，负责水利工程、城防建筑、宫室营建等事务。与太尉、司徒共同讨论皇帝交议的国政，定议后会衔上奏。
参考：《后汉书·百官一》云：“掌水土事。凡营城起邑，浚沟洫、修坟防之事，则议其利，建其功。凡四方水土功课，岁尽则奏其殿最而行赏罚。”建武二十七年（51年）去“大”，称“司空”。汉献帝建安十三年（208年），改司空为御史大夫，职掌不变，不领御史台，与前代御史大夫仅仅是名称相同而已。司空领宗正、少府、司农三卿。司空属吏有长史一人、掾属二十九人、令史及御属四十二人。
九卿
东汉沿西汉制度，以太常、光禄勋、卫尉、太仆、大鸿胪、宗正、大司农、少府为九卿。与西汉不同的是，东汉九卿分隶属三公。太常、光禄勋、卫尉三卿属太尉；太仆、廷尉、大鸿胪三卿属司徒；宗正、大司农、少府三卿属司空。
东汉九卿均于官称上加“卿”字，如太常卿等，秩中二千石。除此之外，东汉九卿与西汉不同者还有：一、光禄勋除西汉的五官中郎将、左中郎将、右中郎将、虎贲中郎将、羽林中郎将之外，增置东中郎将、北中郎将、西中郎将、南中郎将。二、少府尚书改称尚书台，由西汉的常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹改为六曹：改常侍曹为吏曹，增三公曹，将主客曹分为南主客曹与北主客曹。尚书台增设左右丞二人，诸曹侍郎各六人，令史诸曹各三人，事务繁剧的曹增令史各三人。尚书台组织较西汉尚书要重要、庞大的多。
将军
东汉的将军也是中央政府的重要组成部分，有大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军、前将军、后将军、左将军、右将军。大将军位在三公上，骠骑将军、车骑将军、卫将军在三公下。前、后、左、右将军，位在九卿下，不常置。东汉中期以后，太后临朝称制，外戚以大将军执政，与太傅三公合称为五府。
以上将军均开府，府属有长史、司马各一人，从事中郎二人，掾属二十九人，令史御属三十一人。将军以本号领军的，各有部曲、校尉。
另有所谓杂号将军，临事设置，事毕即撤。唯度辽将军因南匈奴所部时有内乱，自永平八年（65年）后常设。汉灵帝设西园八校尉，统率首都洛阳驻防军队，以宦官主之，这是后世宦官领兵的开端。
