土司

    云南、贵州、广西、四川、湖南、湖北、甘肃等省设有土司，分为宣慰司、宣抚司、招讨司、安抚司和长官司（长官为武职），与土府、土州、土县（长官为文职）。土司的长官以当地各族头人充任，可以世袭，由朝廷或地方官府颁给印信，归所在地方之督抚、驻扎大臣管辖。宣慰等司的长官隶属于兵部、土知府、土知州等官隶属于吏部。雍正年间，云南、贵州、广西等省的土司开始改行流官制，史称改土归流。光绪、宣统之际，赵尔丰出任川滇边务大臣，四川西部的藏人土司、西藏东部的宗也开始改土归流。

东北

    东北为清朝龙兴之地。顺治年间入关后，以驻防八旗留守盛京沈阳。康熙至乾隆年间，逐渐形成三个相当于行省的将军辖区：盛京、吉林、黑龙江。将军之下设专城副都统分驻各城，并管理各城的临近地区。副都统下有总管统领各旗。在汉民聚居之处，置府、州、县、厅，如同内地。居于黑龙江、嫩江中上游的巴尔虎、达斡尔、索伦（鄂温克）、鄂伦春、锡伯等族，编入八旗，由布特哈总管、呼伦贝尔总管管辖。黑龙江、乌苏里江下游及库页岛的赫哲、费雅喀、库页、奇楞等渔猎部落则分设姓长、乡长，由三姓副都统管辖。

藩属国

    清朝的藩属国方面，早在皇太极与康熙时期就有朝鲜与琉球国。到乾隆时期扩充到东南亚地区的安南（即越南）、南掌（今老挝）、暹罗（今泰国）、缅甸以及南洋群岛的兰芳共和国（柬埔寨被安南与暹罗瓜分，吕宋与苏禄于西班牙统治菲律宾群岛后相继消失）；西南喜马拉雅山有廓尔喀（尼泊尔）、哲孟雄（锡金）、不丹等国；中亚地区有哈萨克汗国、布鲁特汗国、浩罕汗国、布哈拉汗国、爱乌罕（今阿富汗）、巴达克山、乾竺特与拉达克等国。