四处流亡

    1644年（崇祯十七年，顺治元年）正月 ，怀庆有农民军进攻，朱由崧逃亡到 卫辉，投奔潞王 朱常淓。三月初四，卫辉也有农民军进攻的警报，朱由崧随潞王逃往 淮安，与南逃的 周王、崇王一同寓居于湖嘴舟中。

    三月十一日周王 朱恭枵薨于舟上，三月十八日福王朱由崧上岸，住在 杜光绍园中。

    三月二十九日，李自成农民军攻陷北京，崇祯帝在煤山自缢殉国的消息传至淮安。崇祯帝在北京殉国后，留都南京以及南方各省仍在明朝的控制之下。

    四月，南京诸臣皆认为国家不可一日无君，议立新帝。但对帝位谁属则有一番论战。.

四镇拥立

    从血统上来说，明光宗 朱常洛有天启帝朱由校、崇祯帝朱由检二子，天启帝朱由校无子，而崇祯帝朱由检也殉国了，崇祯帝的太子及永、定二王陷入清军之手，所以应从 明神宗之子、 明光宗诸弟中选择。福王朱常洵为第三子，以常洵居长。朱由崧为朱常洵长子，身在南京附近的淮安，因此在崇祯太子及定、永二王无法至南京继位的情况下，福王本为第一顺位。然而 东林党人却持相反意见，以东林领袖 钱谦益为首，以立贤为名，主张立明神宗之侄潞王朱常淓。史可法并称福王“在藩不忠不孝，恐难主天下”。

    潞王 朱常淓血统偏远，自然缺乏继立的理由。 但他的贤名为他赢得了许多人的同情和支持。当时政治以内阁负责，即使皇帝不能处理朝政，负责的臣下仍可以维持政治机构的正常运转。以局势而论，留都诸臣需要的只是一个形式上的精神领袖。而并不一定非要雄才大略的贤君不可。在史可法指出福王不可立的七大理由中，其一就是“干预有司”。他们不可能要求进行全国范围内的普选，却总有大批的野心家趁机上下其手，借拥立争功。南明的局势势必将土崩瓦解，一发不可收拾了。.

    朱由崧在原总督京营太监 卢九德的帮助下，直接向雄踞江北的三镇 总兵求助。高杰， 黄得功本人本来就是野心勃勃的流窜军阀，见有“定策拥立”的大买卖可做，真是无本而有万利的好机会。于是一拍即合，甩开他们的顶头上司----正与 史可法密商的凤阳总督马士英。做起了定策元勋。消息传到南京，所有人无不大惊失色。马士英老于官场，见自己部将窝里反，想来争也没用。连忙向朱由崧表白心迹，成为从龙文臣第一人。史可法一开始还蒙在鼓里，指手画脚的不服，又在写给马士英的信中痛骂朱由崧昏聩糊涂。没想到却成为落在别人手中的把柄。随即马士英便带领大军杀气腾腾的护送朱由崧来到南京浦口。大势已定，满心悔恨的史可法和东林党人也只好接受这个现实了。

    1644年（崇祯十七年，顺治元年）四月二十六日， 张慎言、 高弘图、 姜曰广、 李沾、 郭维经、诚意伯刘孔昭、司礼太监韩赞周等在朝中会议，李沾、刘孔昭、韩赞周议立福王，议遂定以福王 继统， 告庙并修 武英殿。 凤阳 总督 马士英与江北四镇 黄得功、 高杰、 刘良佐、 刘泽清等人前往 淮安迎接朱由崧。四月二十七日甲申，南京礼部率 百司迎福王于 仪征。.

登基称帝

    1644年（ 崇祯十七年，顺治元年）四月二十八日，朱由崧至 浦口，魏国公徐弘基等渡江迎接。翌日舟泊观音门 燕子矶。四月三十日，南京百官迎见朱由崧于龙江关舟中，请其为 监国。朱由崧身穿角巾葛衣，坐于卧榻之上，推说自己未携宫眷一人，准备避难浙东。众臣力劝，朱由崧同意。.

    五月初一，朱由崧骑马自 三山门环城向东，拜谒 孝陵和 懿文太子陵，随后经 朝阳门入 东华门，谒 奉先殿，出西华门，以南京内守备府为行宫。五月初二群臣至行宫劝进，朱由崧以太子及 定王、 永王不知下落，且瑞王、惠王、桂王均为叔父行，应择贤迎立。诸臣再三劝进，朱由崧根据 明代宗即位的故事监国。五月初三庚寅自 大明门入大内，至武英殿行监国礼。也就在这一天， 吴三桂引清摄政王 多尔衮入北京。.

    五月十五日，朱由崧即皇帝位于南京 紫禁城武英殿，以次年为 弘光元年。其国号依旧为“明”，史称“ 南明”。

局势飘摇

    朱由崧求助于三镇军阀拥立，对以后的局势变化产生了重大影响。最直接的作用即是使他自己得偿心愿，顺利地登上了至尊的宝座。而间接影响，则是江北诸镇以“天子恩人”，“从龙元勋”自居，南京从皇帝到重臣再没有人可以控制这支飞扬跋扈的军队。从此开了南明军阀勋镇势力尾大不掉的滥觞。其实，高杰与黄得功、刘良佐等都是出自行伍的悍勇匹夫，其部下各怀心事，却不乏良将猛士。倘若朱由崧稍有他祖上 明太祖、 明成祖的权谋阅历，只要驾驭得当，完全可以在仰仗三镇拥立之时，施加手段影响，使三镇为己所用。可惜，朱由崧继承了乃父的心宽体胖，却没有继承乃祖的雄才武略。求助于三镇而得帝位，已算得上是他的超常发挥，想做皇帝心切，一开始就高开了价钱，自贬了身价。三镇也看清了朱由崧乃是阿斗。从此对他的权威再也不屑一顾。朱由崧在执政期间，沉湎于酒色之中。掌握朝廷实权的马士英、阮大铖等人也是醉生梦死，利用手中的权力鬻官肥家。阮大铖公然以行贿作为理财妙方。弘光朝廷刚刚建立便露出亡国之象的政以贿成，腐败已极，由此可见一斑。

    1645年（弘光元年，顺治二年）三月初一，有自称崇祯太子 朱慈烺者至南京，朱由崧命令将其关入 兵马司监狱，后命百官审北来太子于 午门外，终裁断为伪太子 王之明。宁南侯 左良玉乃举兵于武昌，称奉太子密诏，以“救太子、诛士英”为名顺流而下，进逼南京。黄得功、阮大铖率兵御之，南明发生内讧。正值此时，清军在豫王 多铎率领下大举南下，攻陷 归德、 颍州、 太和、 泗州、 徐州等地，渡淮河，兵临扬州城下。

    四月，清军围攻江北重镇扬州。史可法急忙向朝廷求援，但却因为镇将们个个拥兵自重、意图观望，最终扬州在被围一天后沦陷（四月二十五日），史可法殉难。五月初八，清军自 瓜洲渡江，镇江巡抚 杨文骢逃奔苏州，靖虏伯 郑鸿逵逃入东海，总兵 蒋云台投降。南京闭城门。五月初十，朱由崧传旨放归所选淑女，当天午夜尤召 梨园入宫演剧。翌日凌晨二漏时，朱由崧率 内官四五十人骑马出 通济门，莫知所踪。天亮后百官入朝，见宫女、内臣、优伶杂沓逃奔西华门外，方知朱由崧已出逃。南京城内大哗，马士英携邹太后出奔，市民救北来太子出狱，扶其入宫，在武英殿即位。

兵败被俘

    1645年（弘光元年，顺治二年）五月十二日，朱由崧至 太平府，以按察院为行宫，寻即移驾 芜湖，投奔 江北四镇之一的芜湖守将靖国公黄得功，他尚对京城变故一无所知。当知道自己的“天子门生”是张皇失措，弃都而来时。内心不胜感慨，但仍然决定以死报国，对这位新君效忠到底。

    1645年（弘光元年，顺治二年），清军攻打重镇扬州，史可法率城中百姓抵御清军，清军围困百日，损失惨重。史可法急忙向朝廷求援，朱由崧却没理他，最终因寡不敌众，扬州沦陷，接着清军直逼南京，明军守军弹尽粮绝，眼看南京就要沦陷，正在与爱妃饮酒作乐的朱由崧急忙进宫召集大臣商议，那些平时只会阿谀奉承的奸臣一句话也没说。

    1645年（弘光元年，顺治二年）五月十五日，清军进入南京，魏国公徐文爵、保国公 朱国弼、灵璧侯汤国祚、定远侯邓文郁，及尚书钱谦益、大臣 赵之龙、大学士 王铎、都御史 唐世济等人 剃发降清。

    清军攻克南京后， 多铎命降将刘良佐带清兵追击弘光帝。众叛亲离的朱由崧只好和爱妃逃到芜湖，清军追来，朱由崧只好与清军作战。明军支架不住。 五月二十二日，总兵 田雄、 马得功、丘钺、 张杰、黄名、陈献策冲上 御舟，劫持弘光帝，将其献给清军。豫王多铎命去锁链，以红绳捆绑。五月二十五日，朱由崧乘无幔小轿入南京聚宝门，头蒙缁素帕，身衣蓝布袍，以油扇掩面，两妃乘驴随后，夹路百姓唾骂，有投瓦砾者。多铎在 灵璧侯府设宴，命朱由崧居于北来太子之下。宴罢，拘弘光帝于 江宁县署。

被杀

    1645年（弘光元年，顺治二年）闰六月，隆武帝朱聿键即位于福州，遥上朱由崧尊号为圣安皇帝。当年九月，朱由崧与皇太后邹氏、潞王 朱常淓等人被押送至北京，安置居住。清 太医院节日时馈宴，朱由崧酣饮极乐。

    1646年（隆武二年，顺治三年）四月九日，有人向摄政王多尔衮进言，称在京居住的故明衡王、荆王欲起兵反清。五月，弘光帝与秦王 朱存极、晋王 朱审烜、潞王 朱常淓、荆王朱慈煃、德王 朱由栎、衡王 朱由棷和“太子” 王之明等十七人被斩首于菜市口（一说朱由崧以弓弦勒毙），年仅四十岁。朱由崧王妃黄氏之弟黄盐梅购得棺木，与黄妃合葬于河南孟津县东山头村。

    朱由崧被杀的消息南传后，监国鲁王 朱以海上谥号为 赧皇帝，不久又上庙谥为 质宗安皇帝。 永历帝于1657年（永历十一年，顺治十四年）四月改朱由崧庙号 安宗，谥号 奉天遵道宽和静穆修文布武温恭仁孝简皇帝。