宋文帝在位中后期，大将军刘义康逐渐掌握了朝中大权[2]。刘义康在朝中安排亲信，排除异己，使得宋文帝对他产生厌恶。元嘉十七年（440年），宋文帝采取行动，逮捕杀死刘义康的同党刘湛及其族人等十余人，并改任刘义康为江州刺史，出镇豫章。又元嘉二十二年，宋文帝处死了，意图拥立刘义康的太子詹事范晔、员外散骑侍郎孔熙，刘义康被废为庶人。又元嘉二十八年（451年），北魏大举入侵，文帝恐刘义康被利用，下诏处死刘义康。
宋文帝害怕太子没有足够力量对抗敌方宗室势力，特地增强了东宫的兵力[3]。但是后来文帝打算废太子时，这些兵力却成为太子造反的力量。元嘉三十年二月，太子刘劭得知废太子的消息后，率先发难，带领东宫兵进入皇宫杀死文帝后称帝。四月，在外征战的宗室武陵王刘骏得知文帝被杀后，立即传檄各州，要讨伐刘劭，宣城太守王僧达、吴兴府司马丘珍孙等人响应。四月，集结的讨伐军与刘劭军大战于新亭，刘劭被击败，退守台城。此时江夏王刘义恭弃家逃奔刘骏，刘劭杀其十二子以及宗室多人。[3]五月四日，台城告破，刘劭及其四子被杀，刘骏即帝位，是为孝武帝。
孝武帝即位不久，欲调当时出镇荆州的刘义宣回朝担任丞相以废其军政大权，义宣不从。又孝武帝淫义宣诸女，义宣由是恨怒，遂起兵十万，和江州刺史臧质、南豫州刺史鲁爽，兼荆、江、兖、豫四州之力，讨伐孝武帝。孝武帝派沈庆之在小岘山打败鲁爽。另一方面，孝武帝派王玄谟和柳元景所部在采石和梁山打败叛军，义宣逃亡江陵，并其诸子为新任荆州刺史朱修之所杀，臧质也在武昌被杀。 后孝武帝又在登基十年内杀掉海陵王刘休茂、武昌王刘浑等人。孝武帝死后，其子刘子业登基后，与其姑母新蔡公主通奸，杀叔父刘义恭。又杀其弟刘子师、刘子鸾等宗室，以及大臣柳元景、沈庆之等。使得“举朝遑遑，人怀危怖。”[4]，刘子业后被宿卫所杀。 刘子业死后，刘彧于泰始元年（466年）登基是为明帝。此时，晋安王刘子勋被江州刺史邓琬拥立为帝，双方爆发大战。刘子勋战败被杀，孝武帝其余各子也相应被杀。
这次内讧严重削弱了南朝宋内部实力，北魏趁机南征夺取地盘，也给萧氏夺权提供了机会。
