文献记载北魏在明元帝泰常八年(423)筑长城后，又沿长城设置军镇，以北方六镇最为有名。据清人沈垚《六镇释》中考证，北魏六镇自西向东依次为:沃野镇(在今内蒙古五原北)、怀朔镇(在今内蒙古固阳西南)、武川镇(在今内蒙古武川西)、抚冥镇(在今内蒙古四子王旗东南)、柔玄镇(在今内蒙古兴和)、怀荒镇(在今河北省张北县北)，沈垚的考证目前被学界公认。
由于文献记载不详，学者们对于北魏六镇设置的具体地点还没有达成一致的看法，尚需要做大量的工作。关于六镇的具体设置时间，学界也存在很大分歧，目前达成一致的观点是六镇设置于北魏初年，但是涉及到具体年代则聚讼纷纭。大致有皇始年间(396～398)、皇始三年(398)、延和中(432～435)、神䴥二年(429)、泰常七年(422)等多种说法。对于这些看法，还当依据北魏设镇的具体情况予以探讨。北魏从皇始年间就开始在北方设镇，史载"昔皇始以移防为重，盛简亲贤，拥麾作镇"，可见，当时道武帝已经开始着手在北部边境地区设置军镇。然而，这并不表明六镇防御体系已经形成。在北魏早期与柔然的军事交往中，还看不出有防御体系存在的迹象。柔然曾经在北魏明元帝永兴二年(410)五月进攻北魏大将长孙嵩，"追围之于牛川";太武帝始光元年(424)八月， "杀掠吏民,攻陷盛乐宫"，拓跋焘率军亲征，"三日二夜至云中,大檀骑围世祖五十余重,骑逼马首相次如堵焉。士卒大惧"，后因柔然内部变乱退兵而解围;始光四年(427)七月，柔然侵入云中,直接威胁京师平城。
在以上柔然对北魏的几次进攻中，柔然军队几乎每次都是长驱直入，并没有受到北魏军队的有效防御，往往是在柔然深入北魏辖区进行掠夺后，北魏政府才出兵抗击。而且，从整个过程来看，柔然似乎进退自如，进无狼烟示警，退无关隘封堵。基此可以推测，在始光四年(427)之前，北魏还没有形成以军镇为主体的、互相支援的防御体系。另外，六镇之中唯一一个有确切设置时间的是怀朔镇，根据《魏书·地形志》朔州条注曰："本汉五原郡，延和二年(433)置为镇，后改为怀朔镇"。又根据《魏书·来大迁传》记载:"延和初，车驾北伐，大迁为前锋，大破虏军。世祖以其壮勇，数有战功，兼悉北境险要，诏大迁巡抚六镇，以防寇虏"。此后六镇之名开始在文献中间隔或交替出现，似已形成体系。因此，将北魏以六镇为基础的军镇防御体系初具规模的时间系于神䴥年间至延和二年之间(428～433)较为妥当。
北魏正光四年(523)，柔然出兵怀荒镇，怀荒镇民要求开仓赈饥，遭到镇将于景拒绝，镇民杀景造反，这一事件成为六镇起义的导火索。同年，沃野镇民破六韩拔陵率众起义，揭开六镇起义的序幕，起义迅速形成燎原之势，其他各镇兵民纷纷响应。孝昌元年(525)，柔然自武川西向沃野出兵帮助北魏镇压义军，起义失败。北魏在镇压这次起义之后，废弃六镇。六镇部民起义又一直坚持到永安二年(529)，在北魏尔朱荣的镇压下以失败告终。"六镇起义"最终敲响了北魏灭亡的丧钟。北魏北方军镇建置对于之后的整个历史发展产生了巨大影响，北魏对于这种军镇体系经营的失败引发的六镇叛乱导致了北魏政府瓦解崩溃，葬送了北魏的政治性命。而以六镇为基础形成的强大的北方军事集团直接主宰了北朝后期的历史，对中国北魏之后的历史影响深远。胡三省讲:"自隋以后，名称扬于时者，代北之子孙十居六七矣。"因此探究造成这种现象背后的原因有助于更好理解、处理边疆经略中存在的一系列问题。
造成北魏军镇体系出现漏洞并最终导致起义的基本原因有如下几点。
拓拔鲜卑与柔然之间的外交往来是公元四世纪后期到公元六世纪初期北方地区历史的主要线索，北魏北方军事策略多围绕这一主线展开。拓拔鲜卑建立北魏后，先后打败高车、库莫奚、刘库仁部、刘卫辰部，攻克后燕都城，北方草原地区出现了"诸部率皆服从，独柔然不事魏"的局面，初步形成柔然与北魏南北对峙的局面。公元402年，社伦统一漠北正式建立柔然汗国，先后征服敕勒诸部、匈奴余部拔也稽。至此之后，柔然尽据鄂尔浑河、土拉河一带水草丰茂的地区，实力大增。其势力范围"西则焉耆之地，东则朝鲜之地，北则渡沙漠，穷瀚海，南则临大碛"，北魏与柔然南北对峙的局面明朗化。根据《魏书·蠕蠕传》记载，柔然汗国前期(402～487)的外交重心是针对北魏的。这段时间内，双方发生战争19次，其中柔然主动进攻10次，北魏因柔然挑衅还击柔然4次，主动进攻5次。同一时期，北魏连年发动统一北方其他政权的战争，柔然乘机南下掠夺。在此期间，柔然也曾遣使致贡北魏23次，从北魏那里得到大量的经济实惠。
但这种和平交往都是围绕经济目的展开的，所以非常脆弱，期间柔然并没有停止"绝和犯塞"，构成了对漠南地区"卒为边害"的战争形势。因此北魏不得不把对柔然的防卫作为军事防御重点。在这种时代背景下，北魏前期北方军镇具有重要战略意义，镇将地位尊崇显赫。文献记载北魏建镇之初"配以高门子弟，以死防遏";魏兰根曾对尚书令李崇说："缘边诸镇，控摄长远。昔时初置，地广人稀，或征发中原强宗子弟或国之肺腑，寄以爪牙"。这些贵奏高门子弟多为世袭军人，极尽优崇，通过出镇北方，他们可以得到更多升迁机会，并享受免除租赋的特别优待，被视为"国之肺腑"，"当时人物，欣慕为之"。
北魏太和十一年(487))，柔然与北魏的关系发生了重要转折。当时原属柔然的敕勒副伏罗部阿伏至罗与其弟穷奇率10余万落至车师前部西北，建立高车政权，脱离柔然的统治，并切断了柔然与西域、中亚之间的关系，从此柔然与高车长期陷入战争僵局，柔然战略重心转向经营西域，并因此而开始寻求与北魏之间的友好通和关系。据《魏书·蠕蠕传》记载，从公元487年到北魏灭亡，柔然只有3次犯边的记载，且都是由于柔然境内遭受严重旱灾才导致"其人大饥，相率入塞"。柔然放弃对北魏的敌对策略，减弱了对北魏边境的威胁，北魏的北方防务也随之松弛。又北魏迁都洛阳后，经营中原成为北魏外交策略的重点，在双重原因作用的结果下，北镇地区失去了军事重镇的战略位置。文献记载北魏历史上皇帝频繁巡幸，据统计,北魏12位皇帝,巡幸208次。
盛乐、平城时期，北魏诸帝的出巡方向集中于阴山地区，主要目的是针对柔然;从文成、献文时期开始逐渐过渡到中原地区;到孝文帝迁都洛阳以后，便完全集中在中原地区了。皇帝出巡方向的转变侧面反映出北方地区的战略位置逐渐呈现下降趋势。此外，北魏前期为北镇地区提供足够的军粮是政府大力提倡农耕经济的重要任务之一，随着六镇地位下降和内地频繁的灾疫欠收，近洛地区的饥民尚且充斥，对政权的安稳构成了威胁，因此朝廷已经无暇北顾六镇。
北镇地位的下降还与孝文帝汉化改革有关。孝文帝改革后，北魏建立门阀制度，文官地位提高，传统军事贵族受到排挤，甚至有文官上书"求铨别选格，排抑武人，不使预在清品"的建议，可见当时军事将领的地位堪忧。因此北魏后期，政府对于六镇将领的选派不再严格化，广阳王深就此上书肃宗分析说："自定鼎伊洛，边任益轻，唯底滞凡才，出为镇将，转相模习，专事聚敛。或有诸方奸吏，犯罪配边，为之指纵，过弄官府。政以贿立，莫能自改"。《魏书.京兆王传》也载："政事怠倦，纲纪不举，州镇守宰，多非其人"。同时由于兵源紧张，六镇地区也成为囚徒发配流放之地，广大镇民被视为地位低贱的"北人"。这预示着六镇地区也成为朝廷的流放区，六镇将领已经从国人欣慕转变为"丰沛旧门，仍防边戍。自非得罪当世，莫肯与之为伍"的境地。这些军镇军官与强制徙边的各族豪强、部酋因待遇的降低对政府强烈不满，他们将不满和怨恨转嫁于毫无地位的镇兵，大肆剥削奴役，克扣粮饷军资，肆无忌惮地欺凌当地少数民族，导致镇民生活贫困，阶级矛盾日益尖锐，各民族之间的矛盾也愈演愈烈，出现不可调和的趋势。
孝明帝正光五年(524)，政府又下诏"诸州镇军贯，元非卯配者，悉免为民，镇改为州，依旧立称。"这条诏令的颁布意味着六镇镇民军籍、军户的自由民身份被免除，转化为依附性很强的"府户"，进一步降低了六镇军户的地位，改变了六镇地区原来固有的内部机制，关系到六镇每一个军户切身利益，于是引起的不满不限扩大化，六镇的矛盾达到一触即发的态势，最终导致了六镇之乱。
西晋末年开始，流民问题成为突出的社会现象，是造成社会动荡的一个主要因素。周一良先生在《魏晋南北朝史札记》中提到"西晋以来，大量流民移动，史不绝书，社会因而动荡。大抵西晋末多为避灾就食而流移，起义领袖如王弥、张昌、王如等，多依靠流民起事。"到北魏末年因旱灾严重，北方地区出现大量饥民，人口流动更加严重。终北魏一带饥民问题一直是政府民生问题中的重要环节。北魏时期，旱灾发生频繁，涉及范围广泛，对于农业和牧业都造成极大损害，严重影响了北魏食物的供应。从北魏太祖登国元年(386)开始到北魏出帝太昌元年(532)的近150余年内，据不完全统计北魏发生旱灾的年份有69年，占三分之一的时间，而北魏后期灾害的高发率竟达到更甚，为65%，灾害范围几乎波及北魏全境。这种自然状况造成了北魏后期流民肆虐成风，形成群体，北魏政府已经无力解决他们的吃饭问题。
北魏前期，政府对于北镇地区的经济支援有明显倾向性。刁雍在任薄骨律镇将时，为保证六镇的粮食供应，就曾经受命运薄骨律等四镇粮食到沃野镇,以上四镇到沃野镇相距甚远,且途中多是沙漠, 行车十分困难，运输粮食耗时费力，严重影响了四镇本地的生产生活，北魏政府的这一举措足见六镇地区受重视的程度。孝文帝迁都以后，向南拓进逐步取代了北边防御而成为北魏国家的战略重点，国家财力已经无法倾向北镇地区。同时北镇地区虽然也实行了均田制，但收益者多为军事贵族，北魏后期均田制又遭破换，六镇经济无法自给自足，大量的饥民导致社会动荡，人民的生活处于水生火热之中，这是六镇爆发起义的直接原因。
六镇起义失败后，北魏政府将20万饥民迁徙河北地区，根据《魏书》 "时北镇饥民二十余万，诏昱为使，分散于冀、定、瀛三州就食。"这些北镇饥民，在六镇起义时都参加了反抗北魏政府的斗争。起义被镇压后，北魏政府亡羊补牢，迁徙饥民于河北，一来为了分化、分散起义力量，减弱六镇地区再次爆发起义的可能性，二来为解决这部分人的吃饭问题。冀、定、瀛三州在孝文帝延兴元年(471)解决沃野、统万的饥民叛乱中发挥了重要作用。《魏书·高祖纪》中记载"(延兴元年)冬十月丁亥，沃野、统万二镇敕勒叛。诏太尉陇西王源贺追击，至罕，灭之，斩首三万余级;徙其遗迸于冀定相三州为营户。"
但北魏政府从宣武帝元恪开始朝纲不振，官场奢侈成风，政府财力日乏，皇帝缺乏有力手段控制局面，中央集权统治与延兴元年相比已经大大减弱，同时河北地区也因连年旱灾，自身经济实力下降。北魏政府没有看到这种历史变化，固执的将六镇20万饥民安置河北，不仅没有解决六镇叛乱的遗留问题，致使六镇起义的火星迅速蔓延为燎原之势，随着六镇饥民的流入，公元525年河北起义如火如荼的展开，数十万饥民为躲避民族残杀流入山东青州，尽而又引起了以河北人邢杲为首的山东大起义，可见在北魏末年流民的迁移也是造成动乱的重要原因。
保持鲜卑传统文化与汉化是北魏政权内部一直存在的两个对立倾向。北魏前期汉化作为一种自然融合状态，在北魏政权中潜移默化展开，保持鲜卑旧俗和汉化两种倾向的矛盾在魏初并不尖锐。孝文帝迁都洛阳后，大张旗鼓的实行汉化改革，致使两种倾向的对立明显化。政权内部存在一大部分鲜卑贵族"雅爱本风，不达新式，至于变俗迁洛，改官制服，禁绝旧言，皆所不愿"。公元496年孝文帝的太子拓跋询因"意每追乐北方"发动叛乱，这次叛乱被镇压后，太子被杀。随后，拓跋宗室元思誉、元珍与勋贵穆泰、陆睿等人再次想据平城起兵，其时"代乡旧族，同恶者多"，可见当时孝文帝的改革受到了强势阻挠，尽管叛乱被挫败后，汉化倾向已经在北魏政权中心的近洛地区占据上风，但是在北镇地区，保持鲜卑传统旧俗，甚至各民族的鲜卑化实占据主导地位。
孝文帝改革是作为统治集团的鲜卑族实行的至上而下的汉化改革，这种改革并不是在北魏统治范围内全面平行铺开的。在近洛鲜卑大多数人从被迫转变到习惯为华彩披服的时候，六镇地区仍然保留鲜卑习俗，通行鲜卑语言和服饰，与近洛地区的鲜卑形成鲜明对比，因而出现了"六镇鲜卑"这一特定的称谓。北魏后期六镇鲜卑包括以鲜卑为主的各族人民，他们具有明显的鲜卑化倾向，例如高欢本怀朔镇人，史称其"既累世北边，故习其俗，遂同鲜卑"。近洛鲜卑与六镇鲜卑形成了民族集团之间的对峙，前者具有明显的是汉化倾向，是统治集团的新贵。这种差别给曾经是国家栋梁的六镇鲜卑心理以承重打击，两者之间的矛盾从改革一开始就埋下了伏笔。
此外，孝文帝改革后近洛地区在大力推行文治的时候，统治集团没有精密的战略考略，他们希望通过粗暴的手段使文治主张扩张到六镇地区。自古以来文治和武功就是统治阶级采取的两手必不可少的战略手段，在两种统治方式的结合中，和平则文治居上，战乱则武功居上，但总的趋势是政权中心文治居上，边疆地区武治占据主导地位，北魏后期军功集团尊崇的地位被剥夺，他们显然不能接受这种文治扩张。军功集团和文士集团的斗争中，后者已经从弱势转化为强势，导致了六镇军功集团的心理失衡。
孝文帝改革本来可以看做是对先进文化和制度的追求，具有积极因素，南方经过孝文改革崇儒重佛，封建化盛行。而在这个激进的改革过程中，北镇地区并没有受到太大的影响，因而呈现出了与近洛地区完全不同的社会面貌，军镇体系奴隶化明显。北魏境内两种社会制度的矛盾和社会风化出现了越来越明显的分歧。"不同质的矛盾，只有用不同质的方法才能解决"，因此六镇变乱不可避免。
