海都之乱是指发生于元朝1268年----1306 年间的叛乱事件，海都为窝阔台（元太宗）孙，曾支持阿里不哥与忽必烈争汗位。他统辖叶密立（今新疆额敏东南）一带原窝阔台和贵由的封地，于至元五年(1268年)发动叛乱，并建窝阔台汗国。随后，与昔里吉、乃颜等叛乱宗王交相侵扰西北地区，以致忽必烈征调攻宋的伯颜军北上平叛。大德五年(1301年)，海都几次战败，死于退军途中。大德十年，其子察八儿率部归顺元朝。
1251年蒙哥的即位在黄金氏族内部划下一道深深的裂纹。窝阔台即大汗位时，全体宗王曾立下“只要是从窝阔台合罕子孙中出来的，哪怕是一块臭肉，我们仍要接受他为汗”的誓言，贵由汗即位的忽里台大会上，诸王也有类似的宣誓。因此，海都认定拖雷后人占据大汗之位是非法的，故而很早就萌生了反叛想法。宪宗六年（1256年），蒙哥大汗“遗（石）天麟使海都，拘留久之”。拘禁大汗使者，其实已露叛意。
反叛大汗廷，必须以军事实力为后盾，海都从被封海押立开始，就开始聚集实力。由于窝阔台系后王的军队被蒙哥汗夺走，“他没法从各处征集了二、三千军队”。海都的策略主要是在两方面进行努力，一是拉拢窝阔台系各自为政的诸王，建立以自己为首的统一的窝阔台系政治势力，二是结交术赤系后王，引钦察汗国为奥援。然而，当时蒙古国政令统一，客观环境限制着海都的行动，但是，1260年爆发的忽必烈、阿里不哥兄弟之间争夺大汗之位的战争，却从某种程度上帮助海都实现了反叛图谋。
海都之乱相关配图
在中统元年至中统五年（1260--1264）的争位战争中，忽必烈和阿里不哥各树大旗，使成吉思汗的黄金氏族成员分裂为两大阵营。海都站在阿里不哥一边。后世学者多认为海都是因为主张保持蒙古传统游牧生活方式，反对接受被征服地区的先进文明，故而才支持与自己思想一致的阿里不哥，这种观点不能不说有一定道理，但不是问题的要害，要害之处在于海都希望打着这种旗号在内战中扩张实力。最初，海都实力有限。《瓦撒夫史》记载：“诸[皇]子中，阿速歹、玉龙答失、失里吉以及一些察合台的孙子和Kulkan之子Arqday斡兀立都支持他（阿里不哥）的计划，帮助他即皇位。”瓦撒夫所列阿里不哥的主要支持者的名单中并无海都，说明1260年时他的军事势力还不强大。在支持忽必烈还是阿里不哥的问题上，窝阔台系诸王的意见也不一致。中统初年，占据叶密立窝阔台大斡耳朵的是窝阔台皇后脱列哥那的妹妹和势力很大的大名王禾忽（贵由汗幼子），他们本来打算投归世祖忽必烈，但后来却改变态度，拉施特称“海都和忽秃忽站在了阿里不哥方面”，据邵循正考证，忽秃忽就是禾勿之名Ququ之讹，把禾忽与海都并称，暗示着禾忽态度转向，可能和海都有关。《元史 麦里传》对此也作了注脚：“世祖即位，诸王霍忽（禾忽）叛，掠河西诸城。”史料表明，迄止中统五年（1264）争位战争结束时，海都已经成为窝阔台系诸王的首领，正如《史集》所载：“他（海都）在这些年中，通过[施展]奸谋、夺取政权和征战，将窝阔台合罕的一部分兀鲁思抓到手中。”之所以称“一部分”，是因为窝阔台系后王没有完整的领地，河西的阔端及其后人，和林的原属窝阔台大汗的斡耳朵都不在其中。但其主要部分即原来分居于西北各地的势力尽为海都掌握。
海都能在短短几年中迅速崛起，是与钦察汗国术赤系后王的支持分不开的。海都的封地海押立（哈萨克斯坦塔尔迪库尔干）位于钦察汗国的东南边界线上，西临术赤第五子昔班在七河的封地，北近术赤长子斡儿答在额尔齐斯河西岸的兀鲁思（即白帐汗国）。海都极力与他们结交，与钦察汗别儿哥“咸与亲厚”。而别儿哥为了对付势力急剧膨胀的察合台汗国，也积极扶持海都的力量。1260年，阿力不哥派自己的心腹察合台之孙阿鲁忽回中亚继承察合台汗位，阿鲁忽借阿里不哥之令并吞了大汗廷派驻在中亚的军队，取得了农业城廓地区的实际控制权。随后阿鲁忽转而投归忽必烈，从忽必烈处得到了“从阿勒台（阿尔泰）的彼方直到质浑河（阿母河），可让阿鲁忽防守并掌管兀鲁思和各部落”的诏命，使察合台汗国第一次正式从大汗廷取得了控制中亚农业区的权力，汗国实力由此暴涨。此前，术赤系在河中农业区势力最大，阿鲁忽上台后“杀死了所有的别儿哥（在河中）的那哥儿和臣属于他的人”，双方几度交战，原属术赤封地的楚河西部草原和大部分花剌子模绿洲都被察合台汗国夺走。别儿哥因忙于高加索地区的战事，无法全力东顾，因此积极支持海都对抗阿鲁忽。海都借钦察汗国支援，不但增强了军力，也抬升了在本系宗王中的地位。他与阿鲁忽数次交战，互有胜负。中统三年（1262），阿里不哥前往中亚，打败阿鲁忽，阿鲁忽只得避居喀什、和田一线。这为海都扩充实力提供了时机，此后，他逐渐在从海押立向西北延伸到乌伦古湖附近的一块条形草原地带建立了自己的势力。当至元初期世祖忽必烈稳定了关内局势，再准备控制中亚时，俟机反叛的窝阔台汗国已经初具规模。
中统五年（1264）七月，阿里不哥投降于忽必烈军门，蒙古国重归一统，忽必烈改中统五年为至元元年。胜利之后忽必烈立即向各系兀鲁思派去急使，召他们东赴蒙古草原，重新召开忽里台大会。世祖重开忽里台的目的，是因为他考虑到中统元年三月仓促即位于开平，不符合成吉思汗的扎撒（法律），故而准备依照传统惯例，在祖先发祥地斡难---怯绿涟之域召开由各系宗王参加的忽里台，重新确立自己的大汗地位，并借这次大会扼制帝国分裂的趋势。钦察汗别儿哥、察合台汗阿鲁忽和伊利汗旭烈兀（忽必烈之弟）一致同意东来赴会。世祖也向海都派去了急使，但海都拒绝前来。当然，这次原定于至元四年（1267）召开的忽里台没能如约举行，主要是因为各汗国之间随后爆发战争，以及在此后一年多时间里阿鲁忽、旭烈兀、别儿哥三位汗王先后去世。但海都的抗命已经明白无误地表明了反叛意图。
学术界一直依据《元史》卷63的记载，认定至元五年（1268）海都进攻别失八里是其叛乱的开始，别失八里又称北庭，在新疆吉木萨尔附近。《元史》卷63记载如下：
“至元五年，海都叛，举兵南来，世祖逆败之于北庭，又追至阿力麻里，则又远遁
二千余里。上令勿追，以皇子北平王统诸军于阿力麻里以镇之，命丞相安童往辅之。”
文字语意清楚，似乎已无疑问，但这条史料本身的诸多错误又使人无法释疑。首先，世祖本人从未到过北庭；其次，皇子北平王那木罕是在“至元八年建幕于和林北（应为西）野里麻里（阿里麻里）之地”的；再次，丞相安童是在至元十二年才来到阿力麻里北平王行军大本营的。这条史料却将一个时期内的几件事压缩到一个时间点上（至元五年）。
当时，元朝人对海都始叛于何时还有另一种说法。据《元史 铁连传》，“至元初，宗王海都叛，廷议欲伐之”，世祖希望能招服海都，命铁连出使，察看虚实，召其入朝，“铁连始终凡四往返，历十四年”，至元十五年时他回朝就任“绛州达鲁花赤”。从“至元初”海都叛乱到铁连四次出使费时“十四年”并于“至元十五年”回朝任职这三个时间点，可以框定铁连第一次出使时间的上下线，是在至元元年（1264）到至元二年（1265）之间。由此也可以确定海都始叛的时间是在至元元年至二年之间。
海都之乱地图
这样，海都发动叛乱的时间就有了两种说法---至元五年与至元初（元年或二年）。对照分析波斯史料，我们发现，至元初其实是海都抗命拒不入朝的时间，而“至元五年”是公开发动武装叛乱的开端。前文已述，至元元年（1264）七月阿里不哥投降以后，世祖将参加叛乱的诸王、异密审判处罚以后，向西北四个汗国派去“急使”，通告处罚决定，并召他们前来参加忽里台，这已是1264年秋天的事了。虽说是“急使”，但考虑到路途遥远，到达中亚也已进入了1265年，别儿哥汗向使者表示要“在牛年[1265年]出发，在虎年[1266年]走完全部路程，在兔年[1267年] 出席忽里台”，说明当时确实是1265年。而这也是海都拒绝赴会的时间，即至元二年（1265）。《史集》记录了海都抗命的细节：
“他（忽必烈）向海都等人派去了急使， 海都无意服从，他遣使致歉说：
‘我们的牲畜瘦了，等养肥之后，我就遵命前来。’他以此为借口推托了三年。接着，他与火你赤那颜勾结起来， 驱逐、击溃并洗劫了在他们附近的、依附于玉龙答失的纳邻，就这样发动了叛乱。”
违抗大汗之命，形同叛逆，故而就有了“至元初（实为至元二年）海都叛”之说。而三年之后海都发动战争，时间正是至元五年，和《元史》的记载相吻合，所以，海都叛于至元五年（1268）是确定无疑的。
1269年，海都同八剌等察合台后王、术赤后王在塔拉斯河畔召开集会，划分了各自的势力范围，同时商定共同反对忽必烈汗和伊利汗。
1271年，忽必烈派皇子那穆罕进军阿力麻里。
1272年，海都立八剌之子都哇为汗，在西北地区不断进行骚扰。
1274年，元军大举攻宋，海都乘机进袭。
1276年，随从那木罕西征的蒙哥子昔里吉、阿里不哥之子药木忽儿等发动叛乱，立昔里吉为汗并劫持了那木罕河右丞相安童。与此同时，海都又趁机攻占了阿力麻里城。对此，忽必烈作了一系列部署，改畏兀儿断事官为北庭都护府，派万户綦公直为都元帅，进驻别失八里，后来又在别失八里等地设置宣慰司，派忽必来等戍守，但是海都等气焰嚣张，屡屡得胜。
1286年綦公直等均陷敌阵，
1287年，元朝蒙古宗王乃颜发动叛乱，海都又与其勾结，在西北进行骚扰。
1289年海都等进犯和林，忽必烈率军亲征，海都逃走。
1294年忽必烈汗死，成宗铁穆耳即位。
1301年海都、都哇又领兵东犯，但被皇侄海山所率元军击败，后来海都受伤死于归途，其子察八儿即位。
1303年察八儿于都哇请和，海都之乱才得平息。
