捕鱼儿海之战，蒙元损失十万人左右。而明军的损失却是微不足道，据说是“不费寸兵，以收其效。”

洪武五年和林之战中幸存下来的蒙元军队，主要有蛮子、哈剌章的军队及原属扩廊贴木儿的军队，这些军队全部参加了洪武二十一年的捕鱼儿海之战。他们虽然在和林逃脱了灭亡的命运，却最终在捕鱼儿海末能幸免。

首先，蒙元小朝廷直属的蛮子及哈剌章二人的军队，他们一直承担着保卫蒙元小朝廷的任务，《明太祖实录》详细地记载了他们在捕鱼儿海与蒙元小朝廷一起覆灭的过程。

其次，还有扩廊贴木儿的军队。扩廊贴木儿在和林之战之后跟随着爱猷识理达腊，转移到了“金山”，自然，扩廊贴木儿的军队也应该和爱猷识理达腊的军队会师 在一起。《明太祖实录》记载扩廊贴木儿“卒于哈剌那海之衙庭”，死亡时间是洪武八年八月。其后，明军在洪武二十一年的捕鱼儿海之战中，俘虏了蒙元“詹事院 同知脱因贴木儿”，脱因贴木儿就是扩廊贴木儿的弟弟，而此战之后，各种史料再也没有关于原属扩廊贴木儿的军队的记载，由此可知，包括脱因贴木儿在内的原属扩廊贴木儿的军队，已经在捕鱼儿海遭到了明军毁灭性的打击。

值得一提的是，明军还在捕鱼儿海俘虏了蒙元吴王朵儿只，朵儿只是成吉思汗同母弟哈赤温的后裔，他在世袭的封地上被俘，意味着成吉思汗亲自分封的哈赤温汗国的结束。

元主脱古思贴木儿及其子 天保奴在逃亡途中被阿里不哥后裔 也速迭儿所杀，与脱古思贴木儿一起逃亡的 知院捏怯来、丞相失烈门于当年投降了明朝。自从元顺帝于 至正二十八年（公元1368年）带领百官部属从 元大都出逃之后，这个以元帝为首小朝廷经上都、 应昌、和林、捕鱼儿海等一系统激战，至此基本上已经瓦解。

胜利消息传到京师，明太祖大悦，遣使劳军，谕中比 蓝玉为 李靖，晋封蓝玉为 凉国公。