乌思藏
1372年四月，河州卫向明廷进言，“乌思藏怕木竹巴故元灌顶国师章阳沙加人所信服”，建议朝廷招抚之。中书省将此建议上报，得到明太祖的允准，“诏章阳沙加仍灌顶国师之号”。章阳沙加即乌思藏帕竹政权的第二任第悉释迦坚赞，这次封赏赐印是明朝建立一来首次册封乌思藏首领。1373年正月，章阳沙加即遣锁南藏卜向明朝朝贡。同年二月，乌思藏的故元摄帝师喃加巴藏卜亦亲自入朝，受封为炽盛佛宝国师，他同时荐举的六十名故元旧官皆被授以官职。
1374年七月，明朝置西安行都指挥使司于河州，韦正为都指挥使，总辖河州、朵甘、乌思藏三卫。从乌思藏返京的使者向明太祖报告，“各官公勤乃职，军民乐业”，因此下诏，“尚虑彼方地广民稠，不立重镇治之，何以宣布恩威。兹命立西安行都指挥使司于河州，其朵甘、乌思藏亦升为行都指挥使司，颁授银印，仍赐各官衣物。”1375年，明朝再置俄力思军民万户府、帕木竹巴万户府，乌思藏笼答千户所，设官十三人。此处的俄力思即为今西藏自治区阿里地区。由此明朝完成了全藏的招抚任务。明太祖时期对西藏僧俗人员的分封，大部分是应求封者的自我介绍而封授的。从数量上看，基本上是以俗官为主而僧官为辅；从官职品级上看，此时期封赐的等级也普遍较低，最高仅为“大国师”和“灌顶国师”。在藏地封授的官职、封号大多是沿用元朝的旧称。
永乐年间，明朝在藏区建立一套僧官制度，僧官分教王、西天佛子、大国师、国师、禅师、都纲、喇嘛等，每级依受封者的身份、地位进行分封。如明成祖即位的当年，即派侯显前往乌思藏迎请噶玛噶举派的第五世噶玛巴活佛，后封其为“大宝法王”。1406年，明成祖又遣使入藏封乌思藏帕竹第五任第悉扎巴坚赞为“阐化王”。明封八王中的两大法王、五大教王都是永乐时期封授的。此外，明成祖依僧官制度还进行了大规模的分封，由此明朝对藏区的各政教势力由上至下各级首领的分封基本完成。
明朝所封的各教王在袭职嗣位元需要请示明廷的批准。如1423年，为了审查第五世噶玛巴活佛的转世灵童，番僧班丹扎失受明朝委派前往藏地工布的咱日山，“审查大宝法王的呼毕勒罕”，这是中央王朝审查藏传佛教教派转世灵童的最早记录。
巴卧·祖拉陈瓦的《贤者喜宴》中记载：“依皇帝（指明成祖）本人思维，动用军队，仿行元代故事，将乌思藏纳入法治”，但大宝法王认为佛法应“自在自如宣扬，不便派遣汉军前往”。面对明成祖意在仿效元代萨迦派故事，独尊噶玛派，大宝法王认为“倘教派独留一家，众生不服，如听随其各所信奉，则必感动佛发慈悲心矣，故听任各自奉行各自之教法，斯乃适当。”
帕竹政权在藏内创立“宗本”制度，明代史籍中称“宗”为“寨”。永乐时期，藏内各宗已经为各大家族所把持，因此明朝就势对各宗本予以分封。如1413年二月置乌思藏卫牛儿宗寨，即为帕竹政权的乃东宗。1416年五月置领思奔寨，即仁蚌宗，所封官员喃葛加尔卜即为宗本南喀杰波。
因为元末战乱，藏内的驿站一度陷于废弛状态。因此，1407年三月明成祖下令命帕木竹巴阐化王，“同护教王、赞善王、必力瓦国师、川卜千户所、必里、朵甘、陇答王（三）卫，川藏等族，复置驿站，以通西域之使”。谕令发布后，明成祖同时“敕（陕西行都司）都指挥同知刘昭、何铭等往西番、朵甘、乌思藏等处，设立站赤，抚安军民”。1414年又派遣中官杨三保赍敕往谕阐化王、阐教王、护教王、赞善王以及诸处大小头目，“令所辖地方驿站有未复旧者，悉如旧设置，以通使命”。 驿站恢复之初，明廷为减轻驿站马匹困难，谕令以征发之马或军马拨给差民使用。同时在旅途中发放“道里费”，以解民困。 经过多年的努力，藏内的驿站全部得到恢复，“自是道路毕通，使者往还数万里，无虞寇盗矣”。
1373年，乌思藏帕木竹巴的第悉章阳沙迦应招遣使进京，同时故元摄帝师喃加巴藏卜亦亲率使团来朝，向明廷荐举六十名藏地首领。在此情势下，明太祖依照内地卫所制度在藏区设立了乌思藏卫指挥使司和朵甘卫指挥使司，同时设置宣慰司二、元帅府一、招讨司四、万户府十三、千户所四。乌思藏卫指挥使司辖区为卫、藏地区。依明制，设置卫指挥使一员，正三品；卫指挥同知二员，从三品；指挥佥事四员，正四品；卫镇抚二员，从五品。故元国公南哥思丹八亦监藏为首任指挥同知。
1374年七月，明朝升乌思藏、朵甘二卫为行都指挥使司，颁授银印，赐各官衣物，明太祖诏谕“劝赏者，国家之大法；报效者，臣子所当为。宜体朕心，益遵纪律”，并任命管招兀即尔为乌思藏都指挥同知。依明制，都指挥使司设都指挥一，正二品；都指挥同知二，从二品；都指挥佥事，正三品。
1374年十二月，炽盛佛宝国师喃加巴藏卜和朵甘行都指挥同知锁南兀即尔等遣使进京朝贡，上奏第二批举荐人员名单，请求授予赏竺坚藏等五十六人官职。明太祖“以西番地广，人犷悍，欲分其势而杀其力，使不为患，故来者辄授官”。
●乌思藏行都指挥使司，1374年七月由乌思藏卫指挥使司升格而成，其为明朝在乌思藏的最高行政机构。
●俺不罗行都指挥使司，“俺不罗”即为“羊卓”，辖地在今西藏浪卡子一带。明初设置俺不罗卫，后升为行都指挥使司，置于乌思藏之下，由乌思藏都指挥使监管事务。1385年，古鲁监藏被任命为行都指挥使司都指挥佥事，机构官员之任职由其后人或家族成员担任。
●乌思藏宣慰司，1373年二月置，隶属于乌思藏卫行都指挥使司。
●牛儿宗寨行都指挥使司，“牛儿宗”即“内邬宗”，辖地在今西藏拉萨市西南之堆龙德庆县境内。1413年置，喃葛监藏被任命为行都指挥佥事。
●领思奔寨行都指挥使司，“领思奔”即“仁蚌”，辖地位于后藏。1416年置，喃葛加尔卜被任命为行都指挥佥事，并封“昭勇将军”。
●俄力思军民元帅府，“俄力思”即“阿里”，辖地为今西藏阿里地区和拉达克。1373年二月，搠思公失监被任命为元帅府元帅。1375年，俄力思元帅府与帕木竹巴万户府、笼答千户所一并正式成立。
●必力工瓦万户府，“必力工瓦”即“止贡”，1385年正月，其官员品第被定为秩正四品。1413年，止贡首领领真巴儿吉监藏被封为阐教王。帕木竹巴万户府，1375年置。1406年，
●帕木竹巴首领剌思巴监藏巴藏卜被封为阐化王。
●仰思多万户府，辖地在今西藏江孜一带。1382年，公哥怕为万户府万户。
●巴者万户府，辖地在西藏昂仁以西。
●沙鲁万户府，辖地在今西藏日喀则东南初的夏鲁。1397年，列思巴端竹为万户府万户。
●著由万户府，辖地在今西藏隆子县境内。1409年二月，搠巴星吉卫阿儿的占为万户府万户。
●加麻万户府，辖地位于盆域。1379年二月置，端竹监藏为万户府万户，并封“信武将军”。
明朝对西藏僧俗首领采取了定期、定员、定道、定制的进京朝贡模式。明朝规定“国师以下不许贡”，乌思藏贡使必须由雅州入的规定。1609年四月，因“番人混冒，方物滥恶，所奉敕书洗补可疑，而通使岁诱为奸”，明朝革除了乌思藏大乘法王、大宝法王、护教王、长河西、董卜韩胡等八番的入贡资格，只许阐教王、辅教王入贡。
在1465年以前，西藏僧俗首领来京朝贡没有严格的限定，大致是一岁一贡，或两岁一贡。如《明会典》记载：“西番，古吐蕃地。元时为郡县，洪武初因其旧职。于是乌思藏有阐教王、阐化王、辅教王、赞善王统化番民，又有护教王、大乘法王、大宝法王凡七王，俱赐银印，令必岁或间岁朝贡。”《明史·西域传》亦记载：“初，入贡无定期，自永乐迄正统，或间岁一来，或一岁再至。”
由于明朝对来贡的藏族首领不仅在政治上给予优遇，经济上也回赐丰厚的赏物，由藏地进京朝贡的使臣越来越多，沿途地方不堪重负。同时有假冒滥充的朝贡者。1440年八月，明廷下了第一道免番僧进京朝贡的赦谕。于1442年第一次发现有假冒贡使的现象。
为了整饬朝贡制度，明宪宗即位后，于1465年规定乌思藏番僧三年一贡，并下发一道敕谕给帕竹第悉阐化王，曰：“尔父祖以来，世修职贡。洪武年间，三年一贡，来朝不过三、四十人，往来道途亦守礼法。近年以来，增加渐多，络绎不绝，恃朝廷柔远之意，所至骚扰。察其所以，多有四川等处不逞之途，买求印信，冒作番僧，贪图财利，坏尔声名。尔居遐僻，何由得知？兹特敕谕尔，今后仍照洪武旧例，三年一贡，自成化三年为始。所遣之人必须本类，不许过多。所给文书，钤以王印，其余国师、禅师等印，皆不许行。惟袭替谢恩者不在三年之限。仍戒来人，毋得夹带投托之人。朝廷已敕经过关隘官司盘诘辨验，如有伪冒，就便拿问。如此，则事有定规，人无冒滥，庶不失尔敬事朝廷之意。
1466年，明朝对朵甘亦规定“如乌思藏例，三年一贡”。1470年四月，明朝再对朝贡人数进行规定，“（乌思藏）每王遣使百人，多不过百五十人，有四川路入，国师以下不许贡”。
西藏进京朝贡人数越来越多，“宣德、正统间，番僧入贡，不过三四十人。天顺间遂至二三千人。到成化年间，仅阐化王所遣的贡使一次就多达四百六十多人。1499年，“长河西及乌思藏一时并贡，使者至二千八百人”。
朝贡路线
成都－新津－邛州－名山－雅州－碉门 <荥经－黎州－飞越岭－化林坪－泸水－冷竹关> 打箭炉－理塘－巴塘－馆觉－乍丫－昌都－恩达－洛隆－边坝－甲贡－嘉黎－江达－鹿马岭－乌苏江－墨竹－拉萨
以马为赋
洪武皇帝朱元璋以马为赋”这一制度肇始于1383年。该年正月，明太祖敕谕松州指挥佥事耿忠，“西番之民归服已久，而未尝责其贡赋，闻其地多马，宜计其地之多寡以出赋，如三千户则三户共岀马一匹，四千户则四户共岀马一匹，定为土赋，庶使其知尊君守上奉朝廷之礼也。”月，耿忠回报：“臣所辖松潘等处安抚各族长官司，宜以其户口之数，量其民力，岁令纳马置驿，而籍其民充驿夫，以供徭役。”1392年五月，尚膳太监而聂等至河州召必里等族输马，“诸族皆感恩意，争出马以献”， 得马340余匹，这是有记录的首次征差发马。同年八月，西宁卫土酋亦令真奔进言，“诸番族皆野居散聚，射猎为食，请岁输马二百匹为常赋。”皇帝表示应准。1393年二月，明朝为各藏族部落“特制金铜信符，族颁一符。遇有使者征发，比对相合，始许承命。否者，械至京师，罪之。”“又制金铜信符，命曹国公李景隆赍入番，与诸番要约，篆文上曰：‘皇帝圣旨’，左曰‘和当差发’，右曰‘不信者斩’。”
依金铜信符制，明朝三年一次下征发马，该制度用以完善、强化“以马充赋”的赋税制度。至1449年，金牌制停止使用，改派行人视察茶政。1488年，再罢行人巡茶，改由御史视察。1497年，经都御史杨一清奏请，金牌制度再次恢复，但此时民间私贩盛行，官方交还已经不能和明初等量齐观。
茶马互市
茶马互市是起始于唐宋时期的一种汉藏之间古老贸易形式。
由于藏地需要大量的茶叶，明朝便执行以茶叶换马匹的政策。而后，明朝逐渐发展出“以茶制番”的目的。如正德年间都御史杨一清在上疏中奏：“以马为科差，以茶为酬价，使之远夷（为）臣民，不敢背叛。如不得茶，则病且死，以是羁縻之，实贤于数万甲兵，此制西番以控北夷之上策也。”1536年，巡茶御史刘良卿亦奏：“诸蕃之饮食，莫切于吾茶，得之则生，不得则死。故严法以禁之，易马以酬之。禁之而使彼有所畏，酬之而使彼有所慕。此所以制番人之死命，壮中国之藩篱，断匈奴之右臂者。”藏人求茶之心可从其遣使来报中看出端详，如乌思藏辅教王使臣沙加星吉等奏：“为乞讨食茶事，臣乌思藏地方，僧众数多，食茶甚少，今来进贡，专讨食茶。望朝廷可怜见，给予食茶勘合，前去湖广等处支茶应用，并乞与官船脚力等项回还便益。普洱茶是茶马互市的重要交易内容
茶马贸易机构
●茶马司：秦州、河州、西宁、洮州、甘州、雅州、碉门、永宁（后废）
●四大茶仓：成都、重庆、保宁、播州
●差运司：巩昌府（骆驼巷、梢子堡、高桥）、临洮府（伏羌、宁远）
●批验茶运司：褒城茶厂、紫阳茶厂
●安多地区盛产马匹，明朝就此先后在当地设置五个茶马司，如：
●秦州茶马司，1372年二月置，1397年四月迁至西宁。
●河州茶马司，1372年置。洮州茶马司，1379年置，1382年罢，由秦州茶马司兼治。
●甘州茶马司，洪武年间置，1443年罢，1561年复置。
●西宁茶马司，1397年置。永宁茶马司，1383年置，1386年罢。
●雅州茶马司，1376年置。碉门茶马司，1386年置。
明初官制，茶马司有大使一人，秩正九品，副使一人，秩从九品。洪武中期，升其秩为正六、正七品。
明朝除在藏族地区设置卫所外，还利用藏传佛教在藏族地区的深远影响，大力封授各派宗教首领和人士，推行僧纲制度，通过宗教加强明朝对广大藏区的影响。当时藏传佛教在西藏派系颇多，除控制卫藏地方政权的帕竹噶举派以外，尚有势力遍及川、康、卫藏的噶玛噶举派，以及势力仍强的萨迦派和后来居上的格鲁派等。明朝治藏政策的核心被概括为“多封众建，因俗以治”。“多封众建”与“因俗以治”互为表里、相互支撑，即“多封众建”为表，则“因俗以治”作为其政情民俗的基础和政策理念为里；若“因俗以治”为表，则“多封众建”作为其政策措施的支撑为里。在明朝对这些藏传佛教的宗教首领人士的封授中，以永乐年间、宣德年间加封的“三大法王”和阐化王、护教王、赞善王、辅教王、阐教王等五个王最为重要，其次为大国师、国师及禅师等。明朝在藏区所封的“王”则与一般意义的“王”有所不同。在藏区所封的“王”既是掌管一方的地方首领，又往往具有佛教僧人的身份；既有掌管一方地区行政的世俗的王的成分，也与宗教的法王相类似的成分。其中“三大法王”的封号，均由师徒或转世相传承，无须再听朝命。而五王及灌顶国师等，其职号的承袭、替代都必须由承袭者遣使或亲自入朝申请承袭，上缴原颁印信、诰敕，旨准后方颁赐新的印信、诰敕，至此完成袭职手续。重要首领，特别是诸王的承袭一般均由朝廷遣专使往封。
明成祖不但封藏传佛教领袖为大宝法王、大乘法王等，而且对他们的弟子也封给大国师、国师的名号。从明成祖到景泰帝、成化帝，明朝封了许多藏族僧人为大国师、国师等，并赐给封诰和印章，明朝所封授的大国师、国师等职，不仅仅是一个名号，而且还有品级。一般大国师为秩四品，国师为五品，禅师为六品，他们在京城，还给以俸禄，所以当时留居北京的藏传佛教僧人很多，其开支全由光禄寺供应。1435年明宣宗去世，明英宗即位，年方九岁。当时明朝为节约开支，曾下令减少在京居留的藏族僧人。据统计当时在北京各寺院中仅官府认为应当减去的藏族僧人即达1100多人。明英宗掌政后仍然大量封授藏族僧人，在宪宗成化、孝宗弘治、武宗正德年间更达到高峰，宪宗成化末年有时一次升职授职的藏族僧人达数十人之多，明武宗还专门在西华门内修建了一座“豹房”，同藏族僧人一起诵经、研习经典，以致于有记载说明武宗通晓梵（藏）语，他还自封为大庆法王，自已给自己颁发了一枚“定为天字一号”的“大庆法王西天觉道圆明自在大定慧佛”的金印。1515年明武宗派太监刘允到西藏赍送番供等物，迎请“活佛”。刘允这次出使，动员大批人力财力，严重扰乱地方，耗费巨大，结果却完全失败。到明世宗嘉靖时，由于明世宗崇信道教，排斥藏传佛教，藏族僧人在北京的活动才进入低潮。
大宝法王
“大宝法王”的是噶玛噶举派的五世噶玛巴活佛得银协巴。他在康区一带巡游传法，很有名声，于是明成祖在他正式即位的当年“遣司礼监少监侯显赍书、币往乌思藏，征尚师哈立麻。盖上在藩邸时，素闻其道行卓异，至是遣人征之”。噶玛巴得知消息后，于1406年从楚布寺出发。当年七月，噶玛巴在康区噶玛寺见到了侯显等使者，领受诏书，即随侯显等人一道前往南京。他们经青海一路于十一月抵河州。然后经陕西、河南、安徽，乘船入长江，于1407年藏历正月抵达南京，驻锡灵谷寺。噶玛巴先率领僧众在灵谷寺设十二坛城为明太祖夫妇作超度法事十四天，后在皇宫中设坛为明成祖传授了无量灌顶，讲经译经。明成祖对噶玛巴活佛表现了非常的倚重和尊崇，授予了他超过明太祖对藏传佛教首领加封的惯例的封号。
1407年三月丁已，明成祖封得银协巴为“万行具足十方最胜圆觉妙智慈善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛”，命他领天下释教，赐印、诰及金、银、钞、彩币、织金珠袈裟、金银器皿、鞍马，并封其徒孛隆逋瓦桑儿加领真为“灌顶圆修净慧大国师”、高日瓦领禅伯为“灌顶通悟弘济大国师”、果栾罗葛罗监藏巴里藏卜为“灌顶弘智净戒大国师”，并设盛宴于华盖殿，宴请噶玛巴师徒。噶玛巴得银协巴在南京、五台山等地停留达一年多，于1408年四月辞归，明成祖赐给他白金、彩币、佛像等物，派中官护送
大乘法王
“大乘法王”是萨迦派都却拉章的贡噶扎西，其为故元帝师贡噶坚赞贝桑布之孙，元封“中兴释教大元国师”大元却吉坚赞之子。萨迦势力在藏中失势之后，迁到达仓宗。贡噶扎西幼年学佛，后到前、后藏朝佛巡礼，讲经说法，成为萨迦款氏家族成员在宗教活动方面的代表人物，声名远扬。明成祖两次遣使召他进京。年届六十的贡噶扎西不听旁人劝阻，决心进京，其于1412年四月由萨迦寺动身，1413年二月抵达南京。他在多次讲论佛法，明成祖封其为“万行圆融妙法最胜真如慧智弘慈广济护国演教正觉大乘法王西天上善金刚普应大光明佛”，赐给管领僧众、护持释迦牟尼教法之诏书及金印。此后，他离京去往北京、五台山等地，然后再回到南京，为明成祖传授灌顶及经咒、护持等。明成祖赐其银质喜金刚像、大威德像、铃、金刚杵等大量法器，再有大藏经、供器、僧帽、袈裟等，以及各种珍宝、金器、银器、绸缎、大小帐幕、茶叶、牛、马、骡等财物。贡噶扎西于1414年正月离开朝廷，十二月回到萨迦寺。
大慈发王
“大慈法王”的是明朝时期新兴的格鲁派的代表人物释迦也失，而释迦也失是代表其师宗喀巴应诏入朝，觐见皇帝。明成祖通过帕竹第悉、内邬宗本等人的介绍和明朝入藏使者的报告而注意到格鲁派的创始人宗喀巴。明成祖二次派人入藏召宗喀巴进京，但召宗喀巴其门下弟子代他入朝进京。明朝授予大慈法王的唐卡释迦也失同入藏使者侯显等启程前往内地。其经山南、康区、理塘，抵达成都附近。当一行人进入成都府城内时，接到明成祖的诏书，曰：“今闻上师你已离西土，不顾途中风雨烈日寒暑，渐次已行数万里之遥，前来此处，故朕心甚悦，难以言说。现今复遣人于途中赠礼迎接，以示缘起，以表朕心。”1413年11月，释迦也失等到达北京城附近时，受到九门提督等官员的欢迎。在大小官员的接送下，释迦也失下驻海音寺（或法音寺），再次受到明成祖的诏谕，诏谕表示明成祖十分高兴释迦也失“不计数万里之路，跋山涉水，触风冒雨，历尽艰辛前来，”考虑到其“远途而来，身体疲乏”，谕示释迦也失面圣时可免行礼。明成祖在大善殿接见了释迦也失，还为他举行了盛大的接风宴会，并多次给予赏赐。1415年4月，明成祖“命尚师释迦也失为妙觉圆通慧慈普应显教灌顶弘善西天佛子大国师，赐之诰命。”释迦也失在京期间，用医药和传授灌顶的办法治好了明成祖的重病。此外，还在五台山建了六座寺院，这些寺院按照藏传佛教格鲁派的修行次第修习佛法。1416年，释迦也失回到拉萨后，用从汉地带回的大量财物建造了拉萨三大寺－色拉寺。1425年5月，释迦也失再次进京（此时明朝已经迁都北京），在北京居住十余年，期间宣德皇帝封其为“万行妙明真如上胜清净般若弘照普慧辅国显教至善大慈法王西天正觉如来自在大圆通佛”。释迦也失于1435年在返藏途中去世，享寿82岁
阐化王
1406年三月壬辰，明成祖派遣使者赍诏封乌思藏帕木竹巴吉剌思巴监藏巴里藏卜（即扎巴坚赞）为灌顶国师阐化王，赐纽玉印、诰命，仍赐白金五百两、绮□、衣三袭、锦绮五十匹、彩绢百匹、茶二百斤。以后帕竹政权的历任第悉，都拥有阐化王的封号。
赞善王
1406年，明成祖令智光和尚出使乌思藏，灵藏僧人著思巴儿监藏遣使随智光来朝，被封为灌顶国师。第二年又被封为赞善王，并赐金印、诰命。赞善王的辖地在今天四川德格一带。
护教王
1406年，馆觉地方的政教首领宗巴斡即南哥巴藏卜遣使入贡，被永乐皇帝封为灌顶国师，并赐以诰命。1407年，宗巴斡即南哥巴藏卜派遣使者入朝谢封，又被明成祖封为护教王，并赐金印、诰命，仍享有国师称号。馆觉地方即是今天昌都地区的贡觉县。
辅教王
1413年，明成祖封思达藏地方（今西藏日喀则地区的吉隆县境内）萨迦派首领南渴烈思巴（按《萨迦世系史》，他是款氏家族成员，全名为南喀勒贝洛追坚赞贝桑布）为辅教王，并赐诰印、彩币。此后贡使双方往来不绝，杨三保、侯显都曾被派往颁赐，而辅教王辖下的许多僧人也都前来朝贡，有的还留在北京任职。
阐教王
1406年，止贡地方的止贡噶举首领锁南藏卜派使者朝贡，成祖封锁南藏卜为灌顶国师，赐予衣服、钱币等优厚的赏赐。1413年，成祖又加封他为灌顶慈慧净戒大国师，并封其僧人领真巴儿吉监藏为阐教王，赐以印诰、彩币，命其管理止贡地方。
