洪武三十一年（1398年）十二月，为了提防燕王造反，朱允炆派工部侍郎张昺为北平布政使，都指挥使谢贵、张信为北平都指挥使。随后又命都督宋忠屯兵驻开平，并调走北平原属燕王管辖的军队。燕王朱棣见到几位藩王先后被削，明白如此下去必无法逃过此劫，遂一边争取时间一边做战争准备。为了争取时间，建文元年（1399年），朱棣先装病，使惠帝放三子回北平；之后由于属下被朝廷处死，遂装疯。但由于王府长史葛诚叛变，密奏朝廷“燕王装病”。朱棣装疯被发觉。而心中早已对父皇册立自己的侄子为太孙而继位有所不满，便立即诱杀了前来执行监视逮捕任务的将臣，于建文元年（1399年）七月起兵反抗明朝中央政府。

燕王遣使入京师金陵奏事，使者被齐泰等审讯，被迫供出

明成祖朱棣

燕王的异状，于是朝廷下密旨，令张昺、谢贵逮捕燕王府的官属，张信逮捕燕王本人。但张信与其母亲讨论之后，将此事告知朱棣。于是朱棣和姚广孝等进行举兵的谋划，令张玉、朱能将八百勇士带入燕王府中潜伏，以待变故。张昺、谢贵得到朱允炆密诏后，于建文元年（1399年）七月初四带兵包围了燕王府。朱棣假意将官属全部捆缚，请二人进府查验。二人进府后，朱棣派出府内死士将其擒获，并连同府内叛变的葛诚、卢振一同处决。当日夜里，朱棣攻下北平九门，遂控制北平城。

燕军控制北平后，建文元年（1399年）七月初六，通州主动归附；七月初八，攻破蓟州，遵化、密云归附；七月十一，攻破居庸关；七月十六，攻破怀来，擒杀宋忠等；七月十八，永平府（今河北卢龙县，属秦皇岛市）归附。七月二十七，为防止大宁军队从松亭关偷袭北平，用反间计使松亭关内讧，守将卜万下狱。至此，北平周围全部扫清。燕军兵力增至数万。

燕军攻破怀来后，由于领地相距太近，七月二十四日，谷王朱橞逃离封地宣府（今属张家口，距北京约150公里，距怀来约60公里），奔金陵。八月，齐泰等顾虑辽王、宁王帮助燕王，建议召还京师；辽王从海路返京，而宁王不从，遂削宁王护卫。宋忠失败后，部将陈质退守大同。代王本欲起兵呼应朱棣，被陈质所控制，未果。

建文元年（1399年）七月，朱棣反书至南京，朱允炆祭告太庙，削朱棣宗室属籍，废为庶人。决定起兵讨燕。在真定（今河北正定）设置平燕布政司。

朱棣初起兵时，燕军只据北平一隅之地，势小力弱，朝廷则在各方面都占压倒性优势。所以战争初期，朝廷拟以优势兵力，分进合击，将燕军围歼于北平。朱棣采取内线作战，以部将郭资戍守北平（今北京），迅速即攻取了北平以北的居庸关、怀来、密云和以东的蓟州、遵化、永平（今河北卢龙）等州县，扫平了北平的外围，排除了后顾之忧，便于从容对付朝廷的问罪之师。经过朱元璋大肆杀戮功臣宿将之后，朝廷也无将可用，朱允炆只好起用年近古稀的幸存老将长兴侯耿炳文为大将军，驸马都尉李坚为左副将军，都督宁忠为右副将军，率军13万伐燕，数路并进，号称百万大军，同时传檄山东、河南、山西三省供给军饷。耿炳文率军在八月十三日到达真定，并分兵于河间、鄚州（河北任丘北约30里）、雄县，为犄角之势。在经过观察后，八月十五日，燕军趁中秋夜敌军不备，偷袭雄县；成功后又利用伏击击败了鄚州的援兵，遂攻克鄚州，收编剩余的部队。

耿炳文部将张保来降，告知朱棣耿炳文的部队分驻滹沱河两岸，于是朱棣让他回去告诉耿炳文“雄县、鄚州大败，燕兵将至”，以打击其士气，并使耿炳文合兵一处，便于一举击溃。耿炳文果然将南岸的兵调过河。八月二十四日，燕军到达无极县。从樵夫和南军被俘士兵处得知敌情，于是燕军发动决战。

建文元年（1399年）八月，南军师至河北滹沱河地区。燕王在中秋夜乘南军饮酒作乐之机，突破雄县，尽克南军的先头部队。继而又于滹沱河北岸大败南军的主力部队。耿炳文逃入真定城中，闭门固守。燕军攻城三日不克，还师北平。耿炳文率残部不到十万人在真定坚守不出，燕军攻城三天不克。八月二十九日，燕军返回北平。顾成降燕之后，留在北平协助燕世子朱高炽守城。

建文帝听到耿炳文军败，根据黄子澄的推荐，任曹国公李文忠之子李景隆为大将军，代替耿炳文对燕军作战。又令辽东江阴侯吴高等领兵围攻永平（今河北昌黎西北）。朱棣留下少量兵将坚守北平，自己亲统大军救援永平。

李景隆

本是纨绔子弟，素不知兵，“寡谋而骄，色厉而馁”。建文元年（1399年）九月，李景隆至山东德州，收集耿炳文的溃散兵将，并调各路军马，共计50万，进抵河间驻扎。当朱棣侦知李景隆军中的部署后，笑着说，兵法有五败，李景隆全犯了，其兵必败无疑，这就是政令不修，上下离心；兵将不适北平霜雪气候，粮草不足；不计险易，深入趋利；求胜心切，刚愎自用，但智信不足，仁勇俱无；所部尽是乌合之众，且不团结。为了引诱南军深入，朱棣决计姚广孝协助世子朱高炽留守北平，自己亲率大军去援救被辽东军进攻的永平，并告诫朱高炽说：“李景隆来，只宜坚守，不能出战。”朱棣还撤去了卢沟桥的守兵。

朱棣这一招果然灵验，李景隆听说朱棣率军赴援永平，就率师于建文元年（1399年）十月直趋北平城下。经过卢沟桥时见无守兵，禁不住欢喜，说：“不守此桥，我看朱棣是无能为力了。”这时朱高炽在北平城内严密部署，拼死守卫。李景隆则号令不严，指挥失当，几次攻城，皆被击退。南军都督瞿能曾率千余精骑，杀入张掖门，但后援不至，只好停止进攻。又因李景隆贪功，要瞿能等待大部队一起进攻，错过了时机。燕军则因此得到喘息，连夜往城 墙上泼水，天冷结冰，待到次日，南军也无法攀城进攻了。吴高怯懦，不敢应战，退保山海关。朱棣解救永平之后，率师直趋大宁（今内蒙古宁城西）。

建文元年（1399年）九月初一，江阴侯吴高率辽东兵攻打永平郡，故朱棣趁李景隆踌躇不决之际，九月十九日前往救援。九月二十五日，朱棣击败吴高，并决定趁势偷袭十七弟宁王朱权的藩地大宁（今内蒙古宁城）以获得其精锐部队朵颜三卫；另一方面利而诱之，将南军引至“空城”北平下。九月二十八日，朱棣率众出师。传信给燕世子朱高炽，令其坚守北平城。

十月初六日，燕军经小路到达大宁城下。朱棣单骑入城（一说

宁王朱权

击败守将房宽后入城），见宁王朱权，哭诉自己无路可走，向朱权求救，希望能向朝廷上书，谢罪免死。朱权相信并收留了他。在居大宁期间，朱棣令手下吏士入城结交并贿赂大宁的军官等。十月十三日，朱棣提出告辞，朱权在郊外送行；但朱权来到郊外后，伏兵尽起，大宁军纷纷叛变，归附朱棣。于是朱权与宁王妃、宁王世子等一同随朱棣前往北平，而大宁的全部军队（包括其骑兵精锐朵颜三卫）都被朱棣收编。大宁成为空城，朱棣实力大增。

听说燕王朱棣率精锐征大宁，李景隆引军攻北平。南军在郑村坝（今大兴以东二十里）扎营，筑垒同攻北平九门。燕王世子朱高炽坚守。朱高炽遣人夜间偷袭南军大营，获得了一定的喘息时间；南军攻城急时，城中妇女也上城头向下投掷瓦石。

南军唯一一次获胜的机会是都督瞿能攻张掖门（一说彰义门，据《方舆纪要》，彰义门即西直门；存疑），几乎要攻下时，因被李景隆所忌，只得停止。功败垂成。农历十月北平甚是寒冷，于是燕军守城部队夜里汲水浇于城墙上，次日城墙结冰，南军无法攀登。南军因天寒地冻，战斗力骤降，攻势自此受阻。

建文元年（1399年）十月十九日，燕军在会州（今河北省平泉县）整编，分立五军（中、前、左、右、后）。十月二十一日，燕军入松亭关（今河北宽城县西南）。十一月初五日，燕军渡白河（时已结冰，渡河处在今北京顺义区东），并打败李景隆的哨探陈晖部队万余人。当天，与李景隆大军在郑村坝会战。燕军左右冲击，连破南军七营，李景隆大败。当夜，李景隆见战事不利，令郑村坝所有军队轻装撤退。数十万人的辎重全部留给了燕军。但李景隆走得匆忙，没有通知围攻北平城的南军军队，于是燕军轻易击溃北平城下的南军，获得其物资。李景隆率军撤回德州，郑村坝之战结束。此战南军丧师十余万人。

建文元年（1399年）十一月初九日，朱棣回到北平城，因为之前（七月）上书没有回信，再次上书朝廷，陈述齐泰、黄子澄构陷宗藩的罪过。建文帝没有回应。十二月，朱棣用反间计令辽东守将吴高被削爵贬黜，消除东北方向的后顾之忧。

由于李景隆准备等来年（1400年）开春再北上攻燕，朱棣决定攻打山西大同，以使南军疲于奔命。十二月十九日，朱棣出师攻大同。十二月二十四日，燕军抵达广昌，守将杨宗投降。建文二年（1400年）正月初一，燕军抵达蔚州，明军守将王忠、李远投降燕军。二月初二日，燕军攻打大同。由于大同是代王的封地且军事地位极重要，李景隆不得不救援。待李景隆走出紫荆关后，燕军从居庸关返回北平。南军在冰天雪地中白跑一趟，兵力、装备大量损失，士气受到重创。

建文二年（1400年）二月二十八日，李景隆给朱棣写信，请求暂时停战。燕王回信索要齐泰、黄子澄等。一说李景隆自此有二心。除了使南军白跑了一个月外，燕军在本次伐大同时意外遇到了从蒙古来降的军队，收编之。此外，保定府于建文二年（1400年）二月降燕。

建文二年（1400年）四月，李景隆从山东德州，郭英、吴杰等从真定誓师北伐燕军，目标是白沟河（北拒马河）。兵力增至六十万，燕军亦出。四月二十日，燕军渡过玉马河，驻于苏家桥。四月二十四日，燕军与南军会战（战场在河北省高碑店市新城县南三十里）。

南军（李景隆部）先锋平安之前曾跟随朱棣出塞，熟悉朱棣战法，设伏

靖难之役

兵。燕军到达之后，平安伏兵起，挺矛冲锋；瞿能父子也一同合击，燕军战斗失利。当时南军郭英部也来到战场，郭英在燕军撤退的必经之路上埋地雷，燕军撤退时损失惨重。朱棣亲自率军殿后，但夜间迷失了道路。朱棣下马趴在地上辨别河流的方向，才分清方向，回到大营。令军士提前用餐，准备次日决战。次日（四月二十五日），燕军与南军再次合战。瞿能、平安绕至燕军后方，攻其后军得手。朱棣见状不好，亲冒矢石，令丘福冲击李景隆中军，不成功；朱棣率军攻打，双方混战，飞矢如雨。朱棣先后换了三匹马，射光了三筒箭，宝剑也砍断，差点被平安、瞿能所伤。无奈之下，朱棣来到河堤上，举起马鞭，假装招呼援兵，李景隆见状果然生疑，攻势减缓；朱高煦此时也来援救，战事暂时缓和。

不久，瞿能再次引众搏战，大呼“灭燕”，形势再次对燕军不利。就在战事危急时，一股旋风刮起，刮断了李景隆的帅旗，南军顿时大乱。朱棣抓住机会，绕到李景隆后方放火。南军大败，瞿能父子被朱高煦阵斩。郭英等向西撤退，李景隆向南撤退，辎重全部扔下，投降十万余人。李景隆撤回德州。

四月二十七日，燕军进攻德州。五月初七，李景隆逃往济南。初九，燕军进入德州，获得大量粮食储备。五月十五，燕军攻济南，李景隆残存十余万兵毫无战斗力，大败。李景隆逃走。燕军遂围济南。十月，朝廷召李景隆回南京。李景隆把六十万大军丢得一干二净，黄子澄、练子宁、叶希贤等上书，请求立斩之，朱允炆不听。对于推荐了李景隆，黄子澄感到十分后悔。

李景隆在几个月的时间内一败再败，建文帝撤免了他的大将军职务，建文帝采黄子澄之谋，遣使议和以求缓攻，又任命盛庸为平燕将军，代李景隆统兵。盛庸屯兵德州，以遏燕军南下。

李景隆败退后，燕军围济南。右参政铁铉、盛庸坚守。朱棣射信入城招降

济南大明湖公园铁公祠

，未果。建文二年（1400年）五月十七日，燕军掘开河堤，放水灌城。铁铉见势不妙，决定派千人诈降，诱朱棣进城。次日，朱棣前往济南，走到城门口时，城门预设的铁板落下，但略快了些，只打中了其所乘马的头。朱棣大惊，换马跑回。由于事出意外，断其后路等工作没能成功。朱棣逃回，大怒，围城攻打三个月。

由于济南的军事地位极重要，若取得济南，进可南下攻打，退可画疆自守，故燕军乘新胜之锐气，志在必得。不料攻城不利，朱棣愤怒之下决定使用大炮攻城，城中不支。铁铉见状，在一些木牌上写了“高皇帝神牌”几个字并挂在城头，燕军只得停止炮击。六月，惠帝见济南危急，遣使求和。朱棣不听。七月，平安进军河间，扰乱燕军粮道。朱棣进退不得，八月十六，撤兵回北平。盛庸、铁铉追击，大败燕军，收复德州。济南之战结束。

九月初十，朱允炆升铁铉为山东布政使，参赞军务，不久后升兵部尚书；封盛庸为历城侯，平燕将军，撤换李景隆。都督陈晖、平安为副职。南军重新进到德州、定州（今保定与石家庄之间）、沧州（今河北沧州）。

参见词条：东昌之战

建文二年（1400年）十月，朱棣闻报南军北上，决定在南军

燕军谋士姚广孝

落脚未稳之际，夺取沧州，再度南下。于是下令出征辽东，暗中派人在直沽（今天津市中心）修建浮桥。十月二十五日，燕军从通州折转向南行进，日夜兼程，十月二十七日到达沧州，南军守将徐凯尚在筑城中；燕军仅用两天就攻下沧州，徐凯等投降。燕军自长芦渡河，十一月初四到达山东德州。朱棣计划招降盛庸未果，于是转而南下。盛庸袭击燕军后军，但遭到失败。十一月，燕军到达山东临清；朱棣决定扰乱南军的粮道，遣轻骑至大名，焚其粮船。燕军从馆陶渡河（卫运河，京杭运河的一部分；当时黄河夺淮入海），先后到达东阿、东平，威胁山东南方，迫使盛庸率军南下。盛庸将计就计，决定在东昌（今山东聊城）与燕军决战，并在阵中摆了大量火枪和毒弩。

十二月二十五日，燕军到达东昌。朱棣仍然亲自率军冲锋，先冲击南军左翼，没有冲击成功；然后又冲击南军中坚，盛庸故意打开阵将朱棣诱入，然后合围，朱棣被南军重重包围。燕军大将张玉、朱能（一说还有朱高煦）分别引兵来救，朱棣死战，终于和朱能会合，逃离战场。但是燕军损失惨重：大量燕军被火器所伤，张玉被南军包围，最后战死。南军大将平安亦率兵赶来，与盛庸合兵作战。次日，燕军再次战败，遂北还。在击退南军的阻截后，建文三年（1401年）正月十六日，燕军返回北平。张玉战死，令朱棣悲伤的食不下咽。

东昌之战，朱棣多次濒临险境。但是由于朱允炆有“毋使朕有杀叔父名”旨意，南军将士惧怕战后反攻倒算，既不敢伤害朱棣，又难以活捉，只得放任自由；朱棣也恃此特权，单骑殿后，南军无可奈何。但是东昌之战毕竟是靖难以来南军的第一场大捷。惠帝朱允炆十分高兴，建文三年（1401年）正月，恢复了齐泰、黄子澄的官职（建文元年十一月两人被罢免，但仍作为智囊留用；至是恢复齐的兵部尚书和黄的太常寺卿职务），并以东昌大捷告太庙。盛庸军势大振。燕军经此败，以后再南下，皆由徐沛，不再走山东。

东昌之败之后，朱棣以此为耻，与道衍和尚姚广孝商议对策。道衍强烈支持朱棣再次出兵。于是于建文三年（1401年）二月初九日，朱棣祭阵亡将士，并脱下袍子烧掉，激励军士。二月十六日，朱棣再次出师。当时盛庸驻兵二十万于山东德州，吴杰、平安驻扎在真定。朱棣决定趁南军两军分隔，先破盛庸一部。三月二十日，燕军探知盛庸在夹河（今河北省衡水市武邑县附近，漳河支流）驻扎，于是驻扎在距对方四十里的地方。

三月二十二日，燕军进兵夹河。盛庸仍结下坚阵，备大量火枪强弩。朱棣利用建文帝严禁伤害燕王之旨，亲自率几个轻骑兵掠过南军阵地侦查。盛庸不敢开枪，只得派出自己的骑兵追赶朱棣，不了了之。侦查后，朱棣率领一万骑兵和五千步兵攻击盛庸军左翼，不能入。此时燕将谭渊望见已经开战，于是主动出兵攻打。盛庸部将庄得死战，会合盛庸军，斩杀谭渊。朱棣、朱能等则趁南军调动产生的混乱，趁暮色向南军后方猛攻，斩杀庄得。盛庸稳住了阵脚，天色已晚，双方罢兵。此战杀伤相当，但燕军损失了大将谭渊。

当夜，朱棣率领十余人在盛庸营地附近露宿；三月二十三日清晨，朱棣发现被南军包围。朱棣再次利用禁杀之旨，引马鸣角，穿过敌军，扬长而去。南军愕然，不敢射箭。朱棣回到营中，鼓励众将“两军相当，将勇者胜”，于是燕军在东北方向，盛庸军在西南方向，再次会战。燕军左右冲击，盛庸坚守，双方互有胜负。战斗打了三四个时辰后，突然刮起了强烈的东北风，尘埃蔽天。南军顶著风沙，根本没法作战；燕军则乘风大呼，纵左右翼横击之，盛庸大败，损失了数万人后，退回德州。吴杰、平安引兵准备会合盛庸，闻庸已败，退回真定。夹河之战结束。夹河之战重新确立了燕军的优势。闰三月初四，建文帝因夹河之败，再次罢免齐泰、黄子澄，谪出京城，暗中令其募兵。

击败盛庸后，朱棣进军真定。考虑到攻城较困难，决定诱敌出战。于是下令军中四出取粮，而用间谍向吴杰等透露此事。吴杰等见状，决定袭击燕军。闰三月初九，两军会于藳城，遂交战。南军列方阵，朱棣则率精锐攻其东北角以破阵。燕将薛禄由于马失足被擒，但夺敌刀斩数人后，夺马逃走。此战大量燕军被南军的火枪和弓弩所伤，朱棣的帅旗被射得像刺猬一样；但是，由于朱允炆的禁杀之旨，朱棣本人反而没事。

次日，两军再次交战。在战斗中突然又刮起了猛烈的大风，南军不能支，大败而去。燕军四面围攻，斩首六万余级。吴杰、平安等逃回真定，坚守不出。朱棣将射成刺猬的军旗送回北平，令世子朱高炽妥善保存，以警示后人。从白沟河、夹河到藳城，燕军三次得大风相助而胜，朱棣认为这是天命所在，非人力所能为。

夹河、藳城之战再次使南军损失惨重，正面战场战事稍缓和。南军改为通过谈判、反间、袭击后方等方式间接作战。击败平安后，燕军南下，先后经过顺德、广平、大名，并驻扎于大名。诸郡县望风而降。

朱棣听说齐泰和黄子澄被贬，上书和谈，表示“奸臣窜逐而其计实行，不敢撤兵”。朱允炆得书，与方孝孺讨论，方孝孺表示可以借此机会遣使回报，拖延时间，并懈怠其军心；同时令辽东等军队攻其后方，以备夹攻。于是（四月）建文帝令大理寺少卿薛嵓去见朱棣，传诏并秘密在军中散布相关消息。薛嵓见朱棣，说“朝廷言殿下旦释甲，暮即旋师。”朱棣表示这连三尺小儿也骗不过。薛嵓无言以对。五月初一，盛庸、吴杰、平安等分兵骚扰燕军饷道。朱棣遣使者进京表示盛庸等不肯罢兵，必有主使。建文帝听从方孝孺的意见，将其下狱（一说诛杀），和谈破裂。朱棣见和谈破裂，决定袭击南军饷道，以使德州南军陷入困境，遂令都指挥李远率兵六千，换穿南军甲胄，从济宁南下；六月十五日，燕军瞒过南军到达沛县，成功焚烧大量南军粮船，河中鱼鳖尽死。南军损失粮食数百万石，京师大震，德州陷入窘境。

七月，燕军进攻彰德，林县投降。七月初十，平安自真定趁虚攻北平，扰其耕牧。朱高炽固守。朱棣分兵回援；九月十八日，平安与战不利，退回真定。由于河北战事不利，方孝孺想出了反间计，利用朱高炽（长子）和朱高煦（次子）的矛盾，先写一封信给守北平的高炽，令其归顺朝廷，许以燕王之位；然后派人告诉朱棣和高煦（随军）世子密通朝廷，以使燕军北还。但朱高炽得到信后，根本没有拆开，将朝廷使者连人带信一起送往朱棣处。反间计失败。七月十五日，盛庸令大同守将房昭入紫荆关威胁保定，据易州西水寨以窥北平。朱棣见状，只得回兵救援。朱棣分兵守保定，并包围房昭的山寨。十月初二，燕军与真定援兵和房昭军决战，朱棣令勇士悄悄登山，在敌后大张旗帜。南军山寨见状大乱，与真定援兵一齐崩溃。房昭退回大同。十月二十四日，燕军回到北平。之后又击败了袭永平的辽东敌军。

至此，燕军靖难已有两年多。虽然屡战屡胜，但因兵力不足，无法巩固并扩张胜利，往往放弃新取之地；仅能据有北平、保定、永平三个郡。

建文三年（1401年）冬，朱棣决定直接率兵南下，临江一决。道衍亦支持不再与盛庸、平安等纠缠，直趋京师。十二月初二日，燕师复出。十二月十二，到达蠡县（约在保定以南50公里）。建文四年（1402年）正月，先后击败德州的一支分队和平安的部队，于是燕军南下（路线大致位于现京九铁路和京广铁路之间）至馆陶渡河（进山东），并长驱直入。正月十二日，燕军在馆陶渡河；正月十四日，燕军攻陷东阿；正月十五日，再攻陷东平；正月十七日，陷汶上；正月二十七日，陷沛县（进江苏）；正月三十日，燕军先头部队到达徐州。

建文帝见燕军再次出动，建文三年（1401年）十二月令驸马都尉梅殷（建文帝的姑父，顾命大臣）任总兵官，镇守淮安。建文四年（1402年）正月初一，建文帝将迁往蒙化的朱橚（废周王）召回南京。命魏国公徐辉祖率兵援山东。

建文四年（1402年）二月初一，南军将领何福、平安、陈晖进兵济宁，盛庸进兵淮上。朱棣派兵袭击南军饷道后，二月二十一日，燕军击败徐州的出战军队，徐州自此闭城死守。

徐州坚守不出，朱棣遂不再理会，继续南下。三月初一，燕军进逼安徽宿州。三月初九，抵达涡河（今安徽蚌埠市怀远县以北）。平安见到燕军一路南下，带兵来追；但三月十四日在淝河中了朱棣所设的伏兵，只得退回宿州。三月二十三日，朱棣遣将断徐州饷道，铁铉等率兵围攻，互有胜负。四月十四日，燕军进达睢水之小河，搭浮桥。次日，平安、何福领军夺桥，双方隔河僵持。数日后，南军粮尽，朱棣决定偷袭。半夜，渡河绕至敌后；但徐辉祖援兵正好赶到，四月二十二日，双方战于齐眉山（灵壁县西南三十里），南军大胜，斩燕将李斌。

南军再次获得胜利，再加上暑热，燕军陷入窘境。四月二十三日，燕军众将要求北返，择地休整，朱棣不同意，说“欲渡河者左，不欲者右。”大部份人站于左侧，朱棣怒。朱能这时强力支持朱棣，表示“汉高祖十战九不胜，卒有天下”，坚定了燕军坚持的决心。这时，朝廷讹传燕军已兵败，京师不可无良将，遂召回徐辉祖。四月二十五日，考虑到在河边不易防守，何福移营，与平安在灵壁（一作灵璧）深沟高垒作长远之计。由于粮道被燕军阻碍，平安亲自率兵六万护卫粮草。四月二十七日，朱棣率精锐袭击平安，将其一分为二；何福全军出动救援，朱高煦也率伏兵出现，何福败走。

南军缺粮，何福与平安决定次日（二十九日）突围而出，在淮河取得给养，号令为三声炮响；次日，燕军攻打灵壁墙垒，进攻信号正巧也是三声炮响。于是南军以为是己方号炮，纷纷夺路而逃；燕军趁势进攻，南军全军覆没。灵壁之战就此意外结束。此战燕军生擒了陈晖、平安、马溥、徐真、孙成等三十七员敌将，四名内官（宦官），一百五十员朝廷大臣，获马二万余匹，降者不计其数。只有何福单骑逃走。灵壁之战彻底击溃了南军主力，此后燕军在长江以北再也没有遇到像样的抵抗。一千六百年前决定楚汉之争胜败的垓下之战就发生在灵壁附近，可谓历史的巧合。

按照齐、黄的策划，曾令辽东派兵南下欲与铁铉会师济南，但五月初一在直沽被燕军击溃。

灵璧之战后，燕军向东南方向直线前进。五月初七下泗州，朱棣谒祖陵。盛庸在淮河设下防线阻碍燕军渡河，朱棣在尝试取道淮安、凤阳受阻后，遣朱能、丘福率士兵数百人绕道上游乘渔船渡河，五月初九从后方突袭盛庸，盛庸败走。燕军遂克盱眙。五月十一日，燕军向扬州方向前进，五月十七日，到达天长（扬州西北50公里）。守扬州的监察御史王彬本想抵抗，但属下反叛，趁其沐浴时绑缚之。五月十八日，扬州不战而降。随后高邮归降。

五月二十二日，朱允炆遣庆成郡主（朱元璋的侄女、朱棣的堂姐）

明朝南京

与朱棣谈判，表示愿意割地。朱棣说“此奸臣欲姑缓我，以俟远方之兵耳。”郡主无言以对，遂返。六月初一日，燕军准备从浦子口渡江，但遇到了盛庸最后的抵抗。燕军战不利，朱棣打算议和北还。此时朱高煦引兵来援，朱棣非常高兴，说“努力罢！世子常常生病啊。”暗示朱高煦有机会取得储君宝座，于是朱高煦大受鼓舞，率众殊死战，击败盛庸。随后中央军的一支水军部队降燕，燕军遂于六月初三日自瓜洲渡江，并再次击败退守此地的盛庸。六月初六日，燕军至镇江，守将率城投降。

六月初八，燕军驻扎于龙潭（距京师金陵东约30公里），朝廷大震。朱允炆徘徊殿间，召方孝孺问计。有人提议逃往内地以图兴复，方孝孺表示城中尚有二十万兵，应坚守待援；即使真战败，国君为社稷而死，是理所应当的。可以再派大臣、在京诸王前往谈判以拖延时间。于是六月初九，派李景隆、茹瑺等见朱棣，再次谈判；朱棣表示割地无名，只要奸臣。六月初十，遣谷王朱橞（建文元年逃回京城）、安王朱楹等第三次前往谈判，无果。六月十二日，外出募兵的大臣们仍未返回，朱允炆只得派在京诸王和武臣们守卫各门。时左都督徐增寿（徐达子，辉祖弟）谋内应，被一群文官围殴。次日（1402年7月13日），燕军抵金陵。徐增寿作内应，事败，被朱允炆亲自诛杀于左顺门。守卫金川门（位于南京城西北面）的朱橞和李景隆望见朱棣麾盖，开门迎降。

燕王进入京城，文武百官纷纷跪迎道旁，在群臣的拥戴下即皇帝位，是为明成祖，年号永乐。历时四年的“靖难之役”以燕王朱棣的胜利而告终。

燕军进入南京后，朱允炆在皇宫放火，

朱棣

朱允炆本人不知所终；此后其下落成为谜团。朱棣入城后，派人找出马皇后的尸体，指认其为朱允炆，并执其手哭“傻小子，何苦如此！”。随后六月二十日，以天子礼葬朱允炆，造成建文帝已死的假象。而朱允炆的下落成为了千古迷题。据传，郑和下西洋的初衷之一便是搜寻建文帝的踪迹。而另一路是胡濙密访江浙一带。

朱棣进入南京之后，翰林院编修杨荣迎于马首，说：“殿下先谒陵乎？先即位乎？”点醒朱棣。次日（建文四年六月十四）起，诸王及文武群臣多次上表劝进，朱棣不允。数日后（六月十七），朱棣谒孝陵，并于当日即皇帝位，是为明太宗（后改为成祖）。重建奉天殿（旧殿被朱允炆所焚），刻玉玺。同年十一月十三日，封王妃徐氏为皇后。

朱棣不承认建文年号，七月初一（一说六月十八），将建文元、二、三、四年改为洪武三十二至三十五年，次年改为永乐元年。凡建文年间贬斥的官员，一律恢复职务（如靖难初期因离间被贬的江阴侯吴高被再次起用，守大同）；建文年间的各项改革一律取消；建文年间制定的各项法律规定，凡与太祖相悖的，一律废除。但一些有利于民生的规定也被废除，如建文二年（1400年）下令减轻洪武年间浙西一带的极重的田赋，至此又变重。

朱棣在靖难之役获胜后，向京城（今南京）军民发布公告：“固

方孝孺

守封地的藩王因左班奸臣挑唆导致骨肉被其残害，所以不得不起兵诛杀他们，以此来扶持江山社稷和保安亲藩。今次拟定的京城奸臣，有罪者不敢赦免，无罪者不敢诛杀，如若误伤受到牵连又祸及到伤亡，绝非靖难本意。”

建文四年（1402年）六月二十五日，朱棣诛杀齐泰、黄子澄、方孝孺，灭其族。其中方孝孺受牵连而死者共873人，充军等罪者千余人。因黄子澄受牵连的有345人。景清降后密谋行刺，事败，八月十二被杀，灭九族；后屠其家乡，谓“瓜蔓抄”。此外，众多建文旧臣如卓敬、暴昭、练子宁、毛泰、郭任、卢植、戴德彝、王艮、王叔英、谢升、丁志方、甘霖、董镛、陈继之、韩永、叶福、刘端、黄观、侯泰、茅大芳、陈迪、铁铉等，史称：“忠愤激发，视刀锯鼎镬甘之若饴，百世而下，凛凛犹有生气。”他们的家属和亲人也被牵连，死者甚众，流放、被逼作妓女及被其它方式惩罚的人也不少。直至明仁宗即位后，大部份人始获赦免，余下的人的后代却迟至明神宗时始获赦免。在大肆诛杀之外，当月，朱棣将魏国公徐辉祖下狱，后释放并削其爵位。辉祖死后，其子嗣魏国公爵。黄观被朱棣所嫉恨，其状元的身份被革去。

铁铉，割其鼻耳塞入口中，然后问：“甘否？”铁弦答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”凌迟，灭族。方孝孺惨遭凌迟灭族。但此事出于野史，未见于正史。野史称方孝孺大书“燕贼篡位”，朱棣见他宁死不屈，威胁他说：“你不怕被诛九族吗？”方孝孺义正严辞地斥责说：“即使诛我十族又怎样？”朱棣怒不可遏，于是大肆搜捕方孝孺的亲属，还包括他的门生和朋友（即第十族），在方孝孺面前一一杀害，被杀者共达八百七十三人，而方孝孺则被腰斩于南京聚宝门外。另外，黄子澄之妹，铁弦之妻， 发送教坊司。