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王守仁等擒获朱宸濠;也受到幸臣们的嫉妒,他们一面以搜捕宸濠余党为由,到江西大行株连诬陷,屠戮无辜,甚至连平叛有功的吉安知府伍文定也被抓来捆绑;一面制造流言,污蔑王守仁“与宸濠通谋,虑事不成乃起兵”。当王守仁从南昌出发,准备将朱宸濠献给明武宗时,他们又屡屡遣人进行阻止,要求王守仁把朱宸濠释放在鄱阳湖地区,“待上自擒之”。武宗一行的所作所为,造成了江西地方人人自危,社会极端混乱。
为了将平叛功劳延及到明武宗及其诸幸臣,正德十五年(公元1520年)闰八月,王守仁不得已将擒获的朱宸濠押至南京,献给明武宗,名曰“献俘”,其场面十分滑稽可笑:只见武宗与诸近侍身着戎服.摆开作战的阵势,将朱宸濠除去桎梏,释放在军队的包围圈中,然后伐鼓鸣金而擒之,重新给他戴上枷锁,列于队伍前面,作凯旋状而归。一路上仍游山玩水,寻欢作乐。九月,至清江浦,在积水池钓鱼时,明武宗不小心翻船落水,尽管保驾者很快将他救起,然而他还是大受损伤,从此生病,终于在次年三月驾崩,结束了一代帝王的腐朽统治。
其次,促成了明朝统治者政治改革的进行。自明武宗逝世到明世宗朱厚熜即位,期间有37天是由内阁首辅杨廷和总揽朝政,面对叛乱初定及各地农民起义的严峻形势,杨廷和用颁发明武宗遗诏、皇太后懿旨和明世宗登基诏书的办法,进行了一些改革。如:停京师不急工务,裁汰锦衣卫、内监局旗校工役人数,减少漕粮,驱逐因恩幸得官者等,这些改革有一定的进步性。及至明世宗即位后,在杨廷和改革的基础上继续进行了一系列的善政,政治方面有:逮捕武宗年间作恶多端的宦官;革传升官;尽罢“诸镇守内官”;开放言路,命群臣陈民间利病。经济方面有:罢除额外的征收,以减轻百姓的负担;对受灾地方采取修义仓、置义田、行和籴代赈等办法;清理庄田等。这些善政对革除明武宗时期的弊端,缓和各种社会矛盾产生了一定的作用。
再次,彻底了结了历代宁王与皇帝间的虬结。从高祖朱权开始,历代宁王与朝廷之间的矛盾重重。燕王朱棣发起靖难之役时,为谋得大宁诸军的助战,用计挟制宁王朱权,使大宁边军俱听其指挥,朱棣还哄骗朱权:“事成,当中分天下。”燕王即皇帝位后,宁王要求改封苏州、钱塘等南方地方,均遭朱棣拒绝,宁王与皇帝间的矛盾由此而生。朱权死后,其孙朱奠培嗣位,因“增造宫殿及派岁禄于进府县,奏请南昌城内东、西二湖”,被时任左布政使的崔恭抵制而生怨恨,“遂劾奏(崔)恭不法,恭与按察使原杰亦奏奠培私献惠二王宫人,逼内官熊璧自尽。按问皆实,遂夺护卫”。削去宁王护卫,改为南昌左卫,使自朱权以来与朝廷间的矛盾进一步加剧。朱宸濠反叛失败后,正德十五年十二月,朱宸濠在通州被处死,并遭到了焚尸扬灰的下场,既而明政府废除宁王封国。经过这次剧烈的变故,宁王府这支不甘现状的宗族终于懂得了在无上的皇权之下必须安分守己、夹着尾巴做人的道理。从此之后,他们归于平静,彻底安于眼前的地位和处境了。
宁王失败的原因,固然与其实力弱,孤立无援和不得民心有关,但也有军事方面的失误。顾祖禹在军事地理巨著《读史方舆纪要》中分析认为,军事布置失当,先是沿江强攻安庆,后又回师救援南昌,前后都不进图金陵,两步错棋是宁王失败的主要原因。
《江西方舆纪要卷三十八》:曰:赣州于南昌如何?曰:赣州又非九江比也。宸濠以南昌之众,夺南康、九江,疾趋而东,是也。使不攻安庆,竟掩金陵,王守仁虽举勤王之兵,自吉安而北,复南昌,向九江,而濠之势已成。天下向背,正未可知。幸天夺其魄,周章狼戾,一至此也。然则赣州于南昌,有时可以不虑;南昌于江西,有时可以不守。赣州有变,固守南昌以拒之,可也。甚则急扼湖口,力固寻阳,使不得轶出于大江,而后图所以制之,可也。