奉迎世宗生母礼节之争
1521年七月初三，新科进士张璁上疏支持世宗，认为朱厚熜即位是继承皇统，而非继承皇嗣，即所谓“继统不继嗣”，皇统不一定非得父子相继，而且汉定陶王、宋濮王都是预先立为太子，养在宫中，实际上已经是过继给汉成帝和宋仁宗，“其为人后之义甚明”。张璁建议朱厚熜仍以生父为考，在北京别立兴献王庙。朱厚熜见此奏章后大喜，称“我父子得以保全了”。但张璁人单势孤，难以动众，世宗唯有先行妥协。但在奉迎生母蒋妃入京的礼仪上，朱厚熜坚持行以迎皇太后之礼，遭到杨廷和反对后痛哭流涕，表示愿意辞位，奉母返回安陆，杨廷和无奈之下只得让步。当年十月，朱厚熜以皇太后礼迎母亲入宫。
当时，湖广总督席书曾草拟奏疏，附和张璁、霍韬的意见，称兴献帝宜定号皇考兴献帝.吏部员外郎方献夫上疏，提出“继统不继嗣”之论。但两封奏疏没能上呈。
三年之后，朱厚熜的地位已稳固，试图为父母封号加“皇”字。那时已被贬至南京刑部主事的张璁与同僚桂萼等揣测帝意，便纷纷上书重提旧事。两人得以宣诏入京，委为翰林学士，专负责礼仪事项，而其他反对者都被下狱、贬官夺俸。以张璁和桂萼为中心，在朝廷中形成了支持、奉迎皇帝的“议礼派”，将议礼当作起家的政治资本，因此在酝酿了一段时间后，又重新挑起了议礼之争。
嘉靖三年(1524年）正月，世宗召集群臣集议，杨廷和见世宗有意变更前议，上疏请求致仕。此时，朱厚熜的地位已稳固，早已厌恶杨廷和跋扈难制，就顺水推舟，同意杨廷和致仕归里。
此时，颇感群龙无首的礼部尚书汪俊酝酿再一起集体谏诤。适逢主事侯廷训据宗法作《大礼辨》，吏部尚书乔宇等人遂据此率群臣近两百五十人一同进言，反对朱厚熜以兴献王为皇考。朱厚熜不悦，下令更多的官员参与进议论中来。于是，给事中张翀等三十有二人，御史郑本公等三十有一人，以及邹守益等，也都抗章力论。状元唐皋也上疏说：“陛下宜考所后以别正统，隆所生以备尊称。”表面上是在调停，实际上倾向于反对。因为邹守益是王阳明的大弟子，唐皋是前朝状元，在朝中都属于影响较大的文臣，朱厚熜因此恼羞成怒，此次进言之人均被斥责、罚俸甚至罢黜。最后，汪俊等只好妥协：“于兴献帝、兴国太后止各加一‘皇’字，以备尊称。”
三月，朱厚熜无奈之下，勉强同意称父亲为“本生皇考恭穆献皇帝”，母亲为“本生母章圣皇太后”。尊封祖母邵氏（明宪宗贵妃）为寿安皇太后，孝宗皇后为昭圣慈寿皇太后，武宗皇后为庄肃皇后。
政治
经过三年的大礼议，最后以君权的高压结束，朱厚熜已经羽翼丰满，并且由议礼的过程体会到了如何行使皇权的无上威严，此后变得独断独行、一意独行。如遇上不合自己心意的大臣，都会下狱廷杖。大礼议加强了皇权专制，促成了朱厚熜刚愎自用的政治作风。
大礼议使得杨廷和明世宗两人形同陌路。杨廷和被削官为民，更中断了杨廷和在明武宗去世之后推行的政治和经济改革，世宗日渐腐化，大肆兴建、迷信方士、尊崇道教，又好长生不老之术，此后明朝政治风气愈发颓废。议礼派“以片言至通显”，因迎合皇帝而从下级官员升至首辅、六卿，使朝廷官员看到奉迎君主带来的好处，嘉靖十七年后，内阁14个辅臣中，如徐阶、顾鼎臣、严讷、夏言、郭朴、严嵩、袁炜、高拱，李春芳等，有9人是通过撰写青词起家的。从此明朝官员中谄媚阿上之风盛行，政治风气日益败坏。
礼仪祭祀
大礼议对历史发展产生了严重的消极影响。嘉靖皇帝以旁支小宗入继大统，内心深处实际上隐藏着难言的自卑感和不安。杨廷和等人的“继嗣”论萦绕在他的心头，必须制服群臣才能树立严威。自卑心理转化为刚愎、猜忌、横暴、独断，处处标新立异，时时戒备群臣，千方百计树立威权。
经过大礼议，在理论和礼仪上终于为自己树立了正统地位；在权力上终于独揽乾纲，威慑群臣。除强化了皇权外，还产生了许多其他严重后果。由于朝野上下都把主要精力集中于议礼，因此干扰、冲击、扰乱了政治、经济的进步性改革；由于只要顺着嘉靖皇帝的意愿议礼有功，便可飞黄腾达，甚至一跃而为巨卿宰辅，因此酿成谄媚之风；由于议礼两派党同伐异，势不两立，因此酿成党争之风。所有这一切都加重了朝政的腐败，因此史家说“吏治繁伪，兵政窳（窳，瘦弱；懒惰）惰，民力虚耗，亦由是始”。
明帝国是个皇权国家，立法、行政和司法权力都混合在一起，皇帝手握至高权柄，文臣在“大礼议”中和皇帝斗争，没有成文法可援引，只能从本朝或先朝的相同事例找理论支持。可是这些“案例”的结果并非完全一样，所以皇帝和文臣双方都从历史上找对自己有利的“判例”。
大臣们认为自己的主张合乎礼制，可他们的说法也矛盾百出。就大明一朝，就有很多不合规矩的做法。比如永乐帝朱棣以“清君侧”的名义争夺侄子建文帝的皇位，他进了南京还假惺惺对方孝孺等人说他是要做辅佐成王的周公，只是成王被烧死了，他这个周公只好自己做皇帝了。朱棣这个说法是很难自圆其说的，即使建文帝死了，他的儿子还在，可朱棣和他的子孙把建文帝的儿子圈禁了半个多世纪。“礼制”只是表面文章，最终决定胜负的还是手中的暴力。
朱棣在自己的大哥朱标这个长房还有男性后代的时候，就敢自己做皇帝，并认为皇位是朱元璋传下来的，自己可以坐。而嘉靖帝即位时，伯父孝宗已没有男性后代。
嘉靖帝和文臣们各执一词，对这场争端，没有一个站在第三方的、公允的裁决机构来裁决，因为皇权至高无上，嘉靖皇帝赢了“大礼议”是很正常的事情。嘉靖朝“大礼议”之争，尽管皇帝赢了，但当时和后世不服气的很多，那是因为在该场争执中，嘉靖帝既当了“运动员”，又当了“裁判员”。
嘉靖三年七月十二日，朱厚熜诏谕礼部，十四日为父母上册文、祭告天地、宗庙、社稷，群臣哗然。正逢早朝刚结束，吏部左侍郎何孟春倡导众人道：“宪宗时，百官在文华门前哭请，争慈懿皇太后下葬礼节，宪宗听从了，这是本朝的旧事。”杨廷和之子、状元杨慎亦称：“国家养士一百五十年，坚守节操大义而死，就在今日。”随后编修王元正、给事中张翀等在金水桥南拦阻挽留群臣，何孟春、金献民、徐文华等又号召群臣。随后两百余位朝廷大臣在左顺门跪请世宗改变旨意。
世宗在文华殿听闻门外哭声震天，命太监传谕大臣们退朝，但群臣直到中午仍伏地不起，企图迫使世宗屈服。杨慎等人撼门大哭，“声震阙庭”。朱厚熜震怒，令锦衣卫逮捕为首者八人，下诏狱。此举令其他人更为激动，冲至左顺门前擂门大哭，朱厚熜再下令将五品以下官员一百三十四人下狱拷讯，四品以上官员八十六人停职待罪。七月十六日，朱厚熜为母亲上尊号“章圣慈仁皇太后”。七月二十日，锦衣卫请示如何处理逮捕的大臣，朱厚熜下令四品以上官员停俸，五品以下官员当廷杖责。因廷杖而死的共十六人。左顺门廷杖后，反对议礼的官员纷纷缄口，为时三年的“大礼议”以朱厚熜获胜告终，到了九月，世宗更定大礼，改称孝宗为皇伯考，生父为皇考，并编纂《大礼集议》和《明伦大典》。嘉靖十七年，朱厚熜给明太宗上尊号为“成祖启天弘道高明肇运圣武神功纯仁至孝文皇帝”，父亲为“睿宗知天守道洪德渊仁宽穆纯圣恭简敬文献皇帝”，并将兴献帝神主升袝太庙，大礼议事件至此最终结束。
