在东南沿海边境，日本封建割据造成大批武士流亡，与海商和中国境内反海禁的私贩集团结合成武装力量，侵扰浙江、福建一带，即称“倭寇”，屡禁不止。二者造成的嘉靖年间的边疆危机，合称“南倭北虏”。

南倭北虏，是明王朝自建立之日起就必须面对的两大外患。明代外来的威胁，在北方主要来自游牧民族如蒙古鞑靼部、瓦剌部，在东南沿海主要来自倭寇。当时称为“南倭北虏”。

早在明太祖朱元璋时期，坚决反对对外滥用武力，他曾明确地讲：“海外蛮夷之国有为患于中国者，不可不讨；不为中国患者，不可辄自兴兵。朕以诸蛮夷小国，阻山越海，僻在一隅，彼不为中国患者，朕决不伐之。”明太祖还在其遗训中再三强调指出：“四方诸夷皆限山隔海，僻在一隅，得其地不足以供给，得其民不足以使令。”的认识，定下“修武备，谨边防，来则御之，去不穷追”的以守御为主的国防政策。重建了以长城为主干的北部边疆防御体系，后来又建起了以卫城、所城为骨干，堡寨墩峰相结合的海防设施体系，成功地抵御了外来的入侵。在北方明政府曾设九边以防“北元”，在南方则是采取建立卫所、设置战船等措施，加强海防以备倭寇。

朱元璋建立明朝以后，实行严厉的海禁政策

南倭北虏在嘉靖皇帝在位期间发生，严禁民众出海贸易，主要是与日本的贸易，导致走私活动猖獗。

从公元1521年（武宗正德十六年）至公元1582年 （神宗万历十年），北方少数民族鞑靼首领俺答汗日益强大，不时率兵南下骚扰，在东南沿海，倭寇也不断入侵，甚至窜至南京，所谓“南倭北虏”的局面已经形成。在嘉靖年间，南倭北虏始终是明王朝的莫大祸患。葡萄牙据中国澳门不走。地主阶级内部一小部分有识之士，从长远的统治利益山发，主张政治改革。首先是整顿边防，嘉靖末击败倭寇，隆庆时与俺答言和井注意防边。其次是整顿赋役，从局部到普遍施行一条鞭法。再次是整顿工商业，征收轮班银，准贩东西二洋，设水饷、陆饷、加征饷船引银。这些措施，都在一定程度上顺应了历史发展的要求。还有整顿吏治，至张居正当政时较有效果。这一时期，在诸般矛盾中，显然以民族矛盾最为突出严重，也是处理得最好的。国内各民族进一步融合的趋势正在形成。